Trifan's Blog

Indonesia dan Ekologi Molekuler : Setitik informasi mengenai kajian molekuler di Indonesia

Posted: August 21st 2017

Apakah spesies a yang ditemukan di wilayah x dan y merupakan satu spesies yang sama?

Pertanyaan seperti itu mungkin sering terlintas dibenak kita jika melihat suatu spesies yang sama namun pada daerah yang berbeda. Pertanyaan seperti itu merupakan pertanyaan ekologi yang dapat dijawab secara konvensional, namun ketika cara konvensional masih belum bisa atau sulit  untuk menjawabnya maka kajian molekuler dapat membantu untuk mendapatkan jawaban yang dibutuhkan. Kajian semacam ini umumnya dikenal sebagai ekologi molekuler.

Kajian ekologi molekuler sendiri di Indonesia sekarang sudah mulai banyak dilakukan. Salah satunya adalah yang dilakukan oleh Anantyarta (2017) yang mengkaji tentang variasi genetik kerbau (Bubalus bubalis) pada kerbau Pacitan dan kerbau Tuban berbasis mikrosatelit. Mikrosatelit sendiri merupakan penanda genetik berupa urutan DNA pendek yang berulang dan umum digunakan untuk kajian evolusi dan kepentingan program pemuliaan.

Gambar 1. Individu Kerbau

Kajian mengenai variasi genetik pada kerbau ini berguna dalam upaya pelestarian peningkatan produktivitas dengan menciptakan individu yang berkualitas tinggi. Studi yang dilakukan ini juga membandingkan variasi kerbau dari kedua daerah fenotipe dan secara genetiknya. Hasil kajian fenotipe menunjukan bahwa variasi terjadi pada ciri-ciri fenotip yang dapat diamati atau terlihat secara langsung, seperti tinggi, berat, warna dan pola warna tubuh, pertumbuhan tanduk dan sebagainya.

Kajian molekuler untuk mengetahui variasi genetiknya dilakukan dengan menggunakan sampel darah dari kerbau yang diekstraksi dengan phenol-cloroform dan diamplifikasi menggunakan primer HEL09 dan INRA023 dan dilanjutkan dengan elektroforesis pada gel polyacrilamide.

Gambar 2. Pita DNA hasil amplifikasi dengan primer HEL09.

Gambar 3. Pita DNA hasil amplifikasi dengan primer INRA023.

Hasil dari elektroforesis fragmen DNA yang teramplifikasi seperti terlihat pada Gambar 1 dan Gambar 2 diatas berupa band yang nantinya dianalisis lebih lanjut menggunakan bantuan software dapat memberikan informasi mengenai frekuensi alel, nilai heterozigositas,dan Polimorfic Information Content (PIC) yang dapat menggambarkan variasi genetiknya.

Hasil yang didapatkan pada penelitian tersebut menunjukan adanya variasi fenotip pada kerbau Jawa Timur,antara populasi Kerbau Pacitan dan polupasi Kerbau Tuban berdasarkan ciri morfologi yang meliputi bentuk tubuh, warna tubuh, warna mata, panjang tanduk, lingkar dada, tinggi badan, panjang badan, ukuran kepala, panjang leher, serta panjang ekor. Hasil analisis genotipe secara molekuler juga menunjukan adanya variasi genetik pada Kerbau Pacitan dan Tuban berdasarkan hasil elektroforesis berupa pola pita DNA yang muncul.

Kajian serupa juga perlu dilakukan untuk spesies lain, terutama spesies yang jumlahnya sudah tidak banyak lagi dan sulit untuk dijumpai. Mengapa? karena kajian seperti ini dapat menjadi dasar untuk menentukan langkah yang tepat terkait dengan upaya perlindungannya agar spesies-spesies tersebut dapat tetap ada di muka bumi ini.

 

Source :

Anantyarta, P. 2017. Identifikasi Variasi Genetik Kerbau (Bubalus bubalis) Pacitan dan Tuban Berbasis Mikrosatelit.                       Bioeksperimen 3 (1): 11-39.


9 responses to “Indonesia dan Ekologi Molekuler : Setitik informasi mengenai kajian molekuler di Indonesia”

  1. rielumboh says:

    Wah keren ya ternyata meskipun sama-sama kerbau tapi engga sama. Kok engga dipaparin mas hasilnya kalo sama atau engga? Terus contoh kerbaunya dong mas ditampilin lewat gambar hehehe. Overall bagus kok mas.

  2. gine says:

    Ternyata kerbau memiliki variasai genetik yang ditempatkan pada beberapa lokasi ya. mungkin dapat diberikan contoh gambar kerbau yang berada pada daerah pacitan dan tuban .

    • trifanbudi says:

      gambarnya belum nemu gine untuk kerbau pacitan dan kerbau tuban, yang ada gambar kerbau secara umum diusahakan akan dicari lagi ya
      terima kasih

  3. rickyjohan says:

    informasi yang menarik, kalau boleh tahu apakah dalam pengamatan morfologi dipakai berapa individu? Dan apakah ada penanda tertentu apabila yang diamati lebih dari 1 individu?

    • trifanbudi says:

      untuk pengamatan morfologi parameter yang dibandingkan sudah ada di atas silahkan dibaca lagi ya, untuk jumlah individu yang digunakan masing-masing 8 individu

  4. krisdianti says:

    Kajian yang sangat menarik dan ekologi molekuler terbukti menjadi salah satu ilmu yang sangat membantu dalam pengembangan dan pemeliharaan sumber daya yang dimiliki Indonesia. Akan lebih baik untuk hasil analisis data yang telah didapatkan dengan software dapat memberikan informasi mengenai frekuensi alel, nilai heterozigositas,dan Polimorfic Information Content (PIC) ditambahkan. Keep going budi 🙂

  5. donna says:

    artikelnya sangat membantu, memahami ekologi molekuler . karena sebenarnya untuk aplikasi ekomol sendiri saya belum terlalu tau. Blog ini membantu juga pengetahuan untuk mengetahui ternyata secara molekuler sangat membantu dalam mengidentifikasi individu yang ternyata secara morfologi sama tetapi secara molekuler berbeda.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2017 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php