Your future very wonderfull

IDENTIFIKASI MUTASI GEN rpoB PADA ISOLAT Mycobacterium tuberculosis MULTIDRUG RESISTANT DENGAN METODE NESTED POLYMERASE CHAIN REACTION.

Posted: August 28th 2015

Mutasi gen adalah  perubahan pada sekuens DNA yang terjadi pada berbagai genom (Elrod dan Stansfield, 2002.). Salah satu studi kasus yang berhubungan dengan mutasi tersebut adalah pada penilitan tentang IDENTIFIKASI MUTASI GEN rpoB PADA ISOLAT Mycobacterium tuberculosis MULTIDRUG RESISTANT DENGAN METODE NESTED POLYMERASE CHAIN REACTION yang  dilakukan oleh Wijaya dkk. (2013).

  • Tuberkulosis adalah suatu penyakit yang disebabkan infeksi oleh Mycobacterium tuberculosis, penyakit ini merupakan salah satu penyakit menular (Suharyo, 2013). Turberkulosis dapat menyebabkan infeksi asimtomatik dan penurunan sistem kekebalan tubuh secara dratis (Colangeli dkk., 2014). Pada tahun 2011 beerdasarkan datab Global Tuberkulosis Kontrol angka prevalensi semua tipe TB adalah  289 per 100.000 penduduk atau sekitar 690.000 kasus. Setiap detiknya ada satu orang yang terinfeksi tuberkulosis, dan di Indonesia sendiri pemberantasan penyakit tuberkulosis telah dimulai sejak tahun 1950 (Suharyo, 2013).
  • Menurut WHO (2010), terdapat adanya multidrug resistant TB (MDR-TB) adalah penyakit tuberkulosis yang disebabkan oleh strain M.tuberculosis yang resisten  terhadap isoniazid dan rifampisin, yang merupakan obat antituberkulosis pertama yang efektif. Menurut Suharyo (2013), pada awalnya diagnosis MDR-TB dilakukan dengan uji sensitivitas obat (Drug Susceptibility Testing, DST), dapat memberikan hasil yang sangat sensitif dan spesifik tetapi membutuhkan waktu yang lama (6-9 minggu). Pada saat ini, berbagai metode molekular berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) telah dirancang untuk mempercepat deteksi mutasi terkait masalah resistensi agen antimikroba, salah satunya adalah Mycobacterium tuberculosis.
  • Pada penelitian ini dilakukan identifikasi jenis mutasi penyebab resistensi dan perbedaan asam amino yang terjadi pada isolat M.tuberculosis MDR di Bali yang dibandingkan dengan gen rpoB M.tuberculosis yang terdapat pada database URL://www.ncbi.nlm.nih.gov. Tujuan dari penelitian ini adalah membantu pengembangan teknik-teknik molekular dalam diagnosis MDR-TB yang umumnya terjadi di Indonesia, dan terutama di Bali. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah Isolasi DNA, amplifikasi gen rpoB dengan nested PCR, deteksi produk PCR dan sekuensing, serta analisis homologi dan mutasi.
  • Sampel yang digunakan sebagai templat PCR diperoleh dari hasil isolasi DNA isolat P10 M.tuberculosis MDR dari salah satu Instalasi Mikrobiologi di Denpasar. Amplifikasi fragmen gen rpoB telah berhasil dilakukan dengan metode nested PCR. Amplifikasi pertama dengan  primer outer dihasilkan amplikon dengan ukuran 1,7 kb (Gambar 1). Produk amplifikasi pertama digunakan sebagai templat pada amplifikasi kedua dengan primer inner, dan diperoleh pita tunggal yang berukuran 0,5 kb (Gambar 2).Hasil sekuensing dari produk PCR isolat P10 dilakukan dengan primer forward. Analisis homologi hasil sekuensing isolat terhadap database gen rpoB M. tuberculosis H37Rv dilakukan dengan program BLASTN  pada URL:// www.ncbi.nlm.nih.gov. Berdasarkan data alignment yang diperoleh dari program tersebut, fragmen gen isolat P10 memiliki kesamaan 99% dengan gen rpoB Mycobacterium tuberculosis H37Rv.
  • Berdasarkan hasil analisis yang telah dilakukan dengan program MEGA4 menunjukkan adanya perubahan nukleotida yang disebabkan oleh perubahan asam amino pada gen rpoB isolat P10 dibandingkan dengan gen rpoB M.tuberculosis H37Rv yang dijadikan sebagai wildtype. Mutasi pada gen rpoB  isolat Mycobacterium tuberculosis yang terjadi adalah missense mutation. Hal ini disebabkan adanya perubahan nukleotida pada kodon 526,  yaitu dari CAC menjadi CTC, sehingga menyebabkan terjadinya perubahan asam amino dari histidin yang bersifat polar menjadi leusin yang bersifat nonpolar; serta pada kodon 418 dari asam glutamat menjadi asam aspartat Menurut Retnoningrum dan Roga (2004), mutasi akibat  perubahan sifat dan struktur asam amino inilah yang menyebabkan penurunan aktivitas pengikatan dan muncul fenotip yang resisten.

 

Gambar 1Gambar 2

Daftar Pustaka

Colangeli, R., Arcus, V, L., Cursons, R, T., Ruthe, A., Karalus, N., Coley, K., Manning, S, D., Kim, S., Marchiano, E., dan Alland, A. 2014. Whole  Genome Sequencing of Mycobacterium tuberculosis Reveals Slow Growth and Low Mutation Rates during Latent Infections in Humans. PLOS ONE 9 (3): 1-10.

Elrod, S., dan Stansfield, W. 2002. Genetika. Erlangga, Jakarta.

Retnoningrum, D, S., dan Roga, F, K. 2004. Mekanisme Tingkat Molekul Resistensi Terhadap Beberapa Obat pada Mycobacterium tuberculosis. Acta Pharmaceutica Indonesia 29(1): 92-95.

Suharyo. 2013. Determinasi Penyakit Tuberkulosis di Daerah Pedesaan. Jurnal Kesehatan Masyarakat 9 (1): 85-91.

WHO. 2010. Multidrug and Extensively Drug-resistant TB (M/XDR-TB): 2010 Global Report on Surveillance and Response. http://www.who.int. 28 Agustus 2015.

Wijaya, M, D., Rusyanthini, E, P., Pradnyaniti, D, G., Komalasari, K, T., dan Sunarti, L, P, S, S. 2013. Identifikasi Mutasi Gen rpob Pada Isolat Mycobacterium Tuberculosis Multidrug Resistant dengan Metode Nested Polymerase Chain Reaction. Penelitian. Jurusan Farmasi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Udayana.


9 responses to “IDENTIFIKASI MUTASI GEN rpoB PADA ISOLAT Mycobacterium tuberculosis MULTIDRUG RESISTANT DENGAN METODE NESTED POLYMERASE CHAIN REACTION.”

  1. Catherine pamela says:

    Tuberkulosis bisa disembuhkan? Kira-kira dengan cara apa?

  2. Natalia Cinthya Deby says:

    Bagus nov,, mungkin bisa diberi ilustrasi biar lebih kebayang gambarannya gimana hehehe tq..^^

  3. Angevia Merici says:

    Informasi yang bagus. mungkin bisa ditampilkan dengan gaya bahasa yang lebih mudah dimengerti. Semangat Novia!

  4. garvin says:

    keren nov. sangat informatif. mungkin perlu ditambahkan video biar lebih menarik dan biar lebih mudah dimengerti hehe 😀

  5. Yani Evami says:

    sudah bagus, mungkin dapat dibuat lebih sederhana agar lebih mudah untuk dipahami 🙂

  6. Novia says:

    @Catherine pamela
    Menurut Suharyo (2013), penyembuhan tuberkulosis di Indonesia saat ini dilakukan dengan program pengobatan TB paru (DOTS)yang kini kita dapat temukan di puskesmas terdekat 😀

  7. Novia says:

    @Natalia Cinthya Deby, @Angevia Merici, @garvin, @Yani Evami, makasih yaaa, nanti postingan selanjutnya di repair lagi.. hehehe. Gbu^^

  8. Robert Fernando says:

    Penerapan identifikasi secara molekuler sangat efektif dalam membandingkan mikrobia terkhusus pada artikel di atas, yaitu Mycobacterium tuberculosis, dan hal itu sangat membantu dalam segi medis terutama di Indonesia sendiri. Namun tidak boleh kita sampingkan dari artikel tersebut adalah keberlanjutannya. Keberhasilan identifikasi tersebut haruslah menjadi inisiator untuk penelitian lebih lanjut untuk mengatasi resistensi tersebut, terlebih penggunaan molekulernya.

  9. Novia says:

    @Robert Fernando : ya saya setuju dengan pendapat anda. Memang perlu adanya penelitian lebih lanjut untuk dapat mengembangkan informasi tersebut. Terimakasih. GBU

Leave a Reply

Your email address will not be published.

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php