Nerissa Alviana

Database molekuler NCBI

Posted: September 18th 2013

Oleh: Nerissa Alviana (110801219), Agustina Tyas Wulandari (110801202), Carolina Yulent Carlen (110801189).

 

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler.

Sejarah NCBI

National Center for Biotechnology Information NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut: untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi. Dalam waktu dan melalui penggunaan luas dari internet, NCBI menjadi semakin sadar akan peran penelitian biologi murni. Biologi molekular menjadi sebagai tokoh sebagai penelitian biomedis. Sejarah National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah multi-disiplin kelompok penelitian yang berfungsi sebagai sumber daya untuk informasi biologi molekuler. Ini dibentuk pada tahun 1988 sebagai pelengkap kegiatan dari Institut Kesehatan Nasional (NIH) dan National Library of Medicine (NLM). Fasilitas terletak di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat.

Sebagai sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler, misi NCBI adalah untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman mendasar proses molekuler dan genetik yang mengontrol kesehatan dan penyakit. Lebih khusus lagi, NCBI telah didakwa dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisa pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia dan genetik; memfasilitasi penggunaan seperti database dan software oleh penelitian dan komunitas medis; mengkoordinasikan usaha-usaha untuk mengumpulkan informasi Bioteknologi baik nasional maupun internasional; dan melakukan penelitian ke dalam metode canggih pengolahan untuk menganalisis struktur dan fungsi biologis penting molekul informasi berbasis komputer.

Almarhum Senator Claude lada mengakui pentingnya informasi terkomputerisasi metode pelaksanaan penelitian biomedis pengolahan dan mensponsori undang-undang yang didirikan Pusat Nasional untuk informasi Bioteknologi (NCBI) pada 4 November 1988, sebagai sebuah divisi dari National Library of Medicine atau (NLM) di National Institutes of Health (NIH). NLM dipilih untuk pengalaman dalam menciptakan dan mempertahankan biomedis database, dan karena sebagai bagian dari NIH, itu bisa membangun program riset intramural dalam komputasi biologi molekuler. Komponen kolektif penelitian NIH membuat fasilitas penelitian biomedis terbesar di dunia.

Jasa NCBI

  1. NCBI melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi  untuk mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lain mendorong komunikasi ilmiah dengan pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian cerama.
  2.  NCBI mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural yang melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah dalam mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinasikan  akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis.
  3. NCBI mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, serta  tata-nama biologi.

Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. Disamping database, NCBI juga menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve domain dan lain sebagainya.

  • Gen Bank NCBI (National Center for Biotechnology Information)

Gen Bank NCBI merupakan tempat penyimpanan berbagai materi genetik (kromosom, gen, DNA, asam amino, dan protein) pada organisme hidup yang sudah berhasil di identifikasi dan dipetakan. Data base ini diproduksi di Pusat Nasional untuk Biotechnology Information (NCBI) sebagai bagian dari kerjasama internasional dengan Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) Perpustakaan Data dari European Bioinformatics Institute (EBI) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). Gen Bank dapat diakses melalui sistem pencarian NCBI itu, Entrez, yang mengintegrasikan data dari DNA utama dan urutan protein data base bersama dengan taksonomi, genom, pemetaan, struktur protein dan informasi domain, dan literatur jurnal biomedis melalui PubMed.

Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal, Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia, Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi.

  • Biosystems

Database yang kelompok literatur biomedis , molekul kecil , dan urutan data dalam hal hubungan biologis. Kita dapat menggunakan untuk menganalisis fungsi protein dan interaksi protein yang kita teliti pada level sel.

  • Database of Expressed Sequence tags (dbEST)

Sebuah divisi dari GenBank yang berisi singkat single-pass membaca cDNA (transkrip) urutan. dbEST dapat dicari langsung melalui Nukleotida EST database.

  • Database of Genome Survey Sequences (dbGSS)

Sebuah divisi dari GenBank yang berisi singkat single-pass membaca DNA genom. dbGSS dapat dicari secara langsung melalui database GSS Nukleotida.

  • Database of Genomic Structural Variation (dbVar)

Database dbVar telah dikembangkan untuk informasi arsip yang berhubungan dengan variasi genom skala besar, termasuk sisipan besar, penghapusan, translokasi dan inversi.

  • Database of Genotypes and Phenotypes (dbGap)
  • Database of Short Genetic Variations (dbSNP)

Adapun program dan kegiatan yang ada di NCBI:

  • Penelitian dasar, NCBI memiliki kelompok penelitian multi-disiplin yang berkonsentrasi pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi molekular komputasi. beberapa contoh dari penelitian saat ini meliputi: deteksi dan analisis organisasi gen, pola berulang urutan, domain protein dan elemen struktur, pembuatan peta gen dari genom manusia, pemodelan matematika kinetika infeksi HIV, analisis pengaruh kesalahan sekuensing untuk mencari database, dan lain-lain.
  • Entrez adalah pencarian NCBI dan sistem pencarian yang memberikan pengguna dengan akses terpadu untuk urutan, taksonomi pemetaan, dan data struktural.
  • BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan software yang dapat digunakan untuk menentukan homologi suatu urutan DNA atau asam amino dengan data yang ada di NCBI.

Perangkat lunak tambahan yang disediakan oleh NCBI meliputi: Membaca Buka Bingkai Finder (ORF Finder), Elektronik PCR, dan alat-alat urutan penyerahan, payet dan Bank IT. Semua database NCBI dan alat-alat perangkat lunak yang tersedia dari WWW atau FTP. Program NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah sebagai berikut:

  1. Pewarisan Mendel Online di Man (OMIM)
  2. Database Modeling Molekuler (MMDB) dari struktur protein 3D
  3. Koleksi Unik Gene urutan Manusia (UniGene)
  4. Peta Gene dari Human Genome
  5. Browser taksonomi
  6. Genome Kanker Proyek Anatomi (CGAP)

Fasilitas pendidikan yang diberikan NCBI, menyediakan link tutorial dan materi pelatihan, termasuk slide PowerPoint dan handout cetak.

–          NCBI Glosarium

Bagian dari NCBI Handbook, glossary ini berisi deskripsi dari alat NCBI dan akronim, bioinformatika persyaratan dan format representasi data.

–          NCBI Handbook

Sebuah koleksi artikel tentang database NCBI dan perangkat lunak. Dirancang untuk pengguna awam, setiap artikel menyajikan gambaran umum dari sumber daya dan desain, bersama dengan tips untuk mencari dan menggunakan alat analisis yang tersedia. Semua artikel dapat dicari secara online dan di-download dalam format PDF, buku pegangan dapat diakses melalui NCBI Bookshelf.

–          NCBI Website Search

Sebuah database statis halaman web NCBI, dokumentasi, dan alat-alat online. Halaman ini mencakup konten seperti alat khusus secara online urutan analisis, masalah belakang newsletter, halaman deskripsi sumber daya warisan, kode contoh, dan sumber daya lainnya miscellaneous. Mencari database ini setara dengan alat pencarian situs untuk seluruh situs web NCBI, dengan pengecualian direktori FTP.

–          National Library of Medicine (NLM) Katalog

Data bibliografi untuk semua jurnal, buku, audiovisual, perangkat lunak komputer, sumber daya elektronik dan bahan-bahan lain yang berada dalam kepemilikan perpustakaan database nukleotida.

 

Sumber:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/


5 responses to “Database molekuler NCBI”

  1. biolin says:

    sudah ok! trus pertahankan & tingkatkan yaaa~ ^-^

  2. catherinekath says:

    Apakah BLAST hanya dapat melakukan alignment pada data di NCBI? terimakasih

    Victorina Fransiska Tiling 0900801113
    Yudhistira Adi Nugraha 110801191
    Fransisca Marthinova Saragih 110801204
    Catherine Tiara Suwignyo 110801230

  3. deborawilasari says:

    Informasi yang diberikan lengkap dan penjelasan mengenai fiturnya cukup lengkap, membantu pemahaman mengenai NCBI dan database molekuler berbasis Web.

  4. wilhelmina leli askadilla says:

    secara keseluruhan informasinya lengkap, hanya saja agak sedikit statis dan monoton, mungkin tulisan bisa diberi warna atau setiap bagian sub judul tulisannya di perbesar, agar pembaca lebih tertarik untuk menggali lebih lanjut 😀

  5. Maria says:

    Infonya cukup lengkap. Menambah pengetahuan tentang NCBI.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php