Escherichia coli

Blot Southern: Sering Didengar Tapi Kurang Dipahami

Posted: May 7th 2014

          Southern blot merupakan suatu teknik yang kerap kita temui dan jumpai selama kita belajar teknologi molekular. Namun, hingga hari ini sedikit dari kita yang mengetahui apakah itu Southern blot. Southern blot atau yang dalam bahasa Indonesia disebut dengan blot Southern, pertama kali ditemukan oleh E. M. Southern pada tahun 1975 (Brown, 2001).

          Blot Southern ini sendiri merupakan teknik yang sangat sensitif untuk mendeteksi satu atau lebih fragmen DNA yang spesifik dalam sebuah kompleks campuran acak dari fragmen-fragmen DNA lainnya. Sebuah metode yang berkorespondensi untuk penilaian RNA disebut dengan hibridisasi blot Northern (sebuah permainan kata untuk Southern). Immunoblotting atau yang disebut juga dengan blot Western yang digunakan untuk mendeteksi protein dengan prosedur yang berdasarkan pada antibodi (Passarge, 2012). Selain itu, masih banyak teknik-teknik lainnya seperti blot Eastern, blot Far-Western, blot Far-Eastern, blot Middle-Eastern, blot Southwestern, dll (Edwards,           

          Pada intinya, blot Southern adalah metode untuk deteksi fragmen restriksi spesifik terhadap latar belakang dari banyak fragmen restriksi lain. DNA yang dibatasi bisa jadi plasmid atau klon bakteriofag, blot Southern digunakan untuk mengkonfirmasi identitas fragmen kloning atau untuk mengidentifikasi subfragment yang menarik dari dalam DNA kloning, atau mungkin DNA genomik, dalam hal ini blot Southern digunakan sebagai awal analisis dari sebuah teknik seperti RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) (Brown, 2001).

          Teknik blot Southern sangat penting untuk memahami masalah-masalah mendasar seperti struktur gen, ekspreksi gen, dan organisasi genom. Selain itu, blot Southern memainkan peran penting dalam diagnosis dari penyakit yang dapat diturunkan dan dalam deteksi mikrobia dan virus patogen. Analisis blot Southern dapat pula digunakan dalam aplikasi forensik (Karcher, 1995). Salah satu penyakit yang dapat didiagnosis oleh blot Southern adalah sindrom Pearson. Diagnosis sindrom Pearson dilakukan dengan analisi blot Southern yang dibuat di leukosit DNA (DiMauro dan Hirano, 2011).

          Prosedur blot Southern dimulai dengan dicernanya     sumber DNA (genomik atau sumber lainnya) dengan enzim restriksi dan kemudian dipisahkan dengan gel elektroforesis, biasanya dengan gel agarosa. Setelah itu, hasil elektroforesis di inkubasi dalam NaOH untuk didenaturasi menjadi untai tunggal. Kemudian, DNA yang telah terpisahkan oleh gel elektroforesis, ditransfer ke sebuah membran yang mana merupakan lembaran khusus kertas blot (umumnya kertas nitroselulosa atau kertas nilon). Fragmen DNA akan tetap memiliki pola yang sama pada saat di pisahkan pada gel elektroforesis. Kemudian, blot ini diinkubasi dengan berbagai macam salinan probe DNA untai tunggal. Probe akan membentuk pasangan basa dengan sekuens DNA yang komplementer dengannya dan membentuk molekul DNA untai ganda. Probe tidak akan tampak untuk melihat lokasinya, probe diinkubasi dengan substrat tidak bewarna yang dapat dilihat dibawah sinar X. Jika probe telah dilabeli sebelumnya dengan senyawa radioaktif, probe dapat memancarkan langsung sinar X (Campbell, 2001).

Untuk lebih jelasnya, prosedur dari blot Southern dapat dilihat di link di bawah ini:

http://www.youtube.com/watch?v=VmCTsmhx2_w

 

 

 

Brown, T. A. 2001. Southern Blotting and Related DNA Detection Techniques. Nature Publishing Group, United Kingdom.

Campbell, M. A. 2001. Southern Blot Method. http://www.bio.davidson.edu/COURSES/ GENOMICS/method/Southernblot.html. 7 Mei 2014.

DiMauro, S. dan Hirano, M. 2011. Mitochondrial DNA Deletion Syndromes. http://www.ncbi. nlm.nih.gov/books/NBK1203/. 7 Mei 2014.

Edwards, S. A. 2012. Southern, Northern, Western, and Eastern Blots. http://membercentral. aaas.org/blogs/scientia/southern-northern-western-eastern. 7 Mei 2014.

Karcher, S. J. 1995. Molecular Biology: A Project Approach. Academic Press, California.

Passarge, E. 2012. Color Atlas of Genetics edisi ke-4. Georg Thieme Verlag KG, Stuttgart. 


6 responses to “Blot Southern: Sering Didengar Tapi Kurang Dipahami”

  1. deansadewo24 says:

    bagus sekali postingan yang anda buat, lengkap dan bisa dipercaya, mungkin ditambahkan mengenai visualisasi gambar atau link video atau media lainnya..terimakasih…tetap semangat..jangan menyerah

  2. endang sigiro says:

    keren ko
    ini dinamain dari penemunya toh? terus yang eastern, far-western, middle-eastern dkk gimana? moso iyo ada nama middle-eastern? rasis tuh!

  3. gnosis says:

    terimakasih komennya mas dewo,kedepannya mungkin akan saya tambahkan gambar juga. hehehe
    terimakasih juga komennya mbak endang, iya e, seperti itu adanya, bukan rasis. hahahaha. iya kalo Southern sesuai penemunya, yang lainnya hanya menyesuaikan saja. hehe

  4. Dominikus Bagas Hardiprasetya says:

    Informasi yang sangat menarik dan bermanfaat. Update terus om tentang perkembangan blot southern nya. 😀

  5. alfonslie says:

    info yang informatif sekali dan penambahan video semakin memperjelas maksud penulis.. cheers 🙂

  6. radewi says:

    metode ini emg sering kedengeran tp emg srg ga dipahami jg sih hehee. btw thanks, skrg jd lebih paham ttg metode ini.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php