Escherichia coli

NCBI: Situsnya Para Biologis

Posted: September 15th 2013

NCBI

140px-US-NLM-NCBI-Logo.svg

  NCBI (National Center for Biotechnology Information) adalah salah satu situs pertama di dunia yang ditujukan untuk penelitian biomedis dan bioinformatika. NCBI telah menciptakan sistem otomatis yang digunakan untuk menyimpan dan menganalisis data genetik dan molekuler. Berbasiskan NLM (National Library of Medicine) dan NIH (National Institutes of Health), NCBI menjadi inang berbagai macam database yang digunakan oleh peneliti dunia.

   NCBI dibentuk dengan persetujuan oleh Senator Claude Pepper pada tahun 1988, saat ini NCBI sendiri dipimpin oleh David Lipman. Tujuan awal dibentuknya lembaga NCBI adalah untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit. Saat ini, NCBI terletak di Bethesda, Maryland dan dapat dengan mudah diakses secara umum melalui internet dengan alamat web www.ncbi.nlm.nih.gov.

Capture

Sumber daya

   Dalam bagian sumber daya, NCBI memiliki sumber daya yang luar biasa besar, ada lebih dari 60 sumber daya di NCBI. Sumber daya-sumber daya yang ada di NCBI sangatlah beragam tipenya. Ada yang membahas tentang kimia & bioassay, RNA & DNA, domain & struktur, dll. Ini merupakan daftar beberapa sumber daya di NCBI yang populer:

  1. Bookshelf (NCBI Bookshelf): Koleksi dari buku biomedis yang dicari atau dari data yang dihubungkan dalam database NCBI yang berbeda. Koleksi ini mencakup buku teks tentang biomedis, judul-judul yang bersifat ilmiah lainnya, sumber-sumber genetik, seperti GeneReviews, dan petunjuk ilmiah manual NCBI.
  2. PubMed: Public Medline merupakan database gratis yang mengakses langsung menuju ke database Medline atau referensi dan abstrak pada sains dan topik biomedis.
  3. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool adalah program penyelarasan sekuens, seperti sekuens dari asam amino dari protein yang berbeda, atau sekuens nukleotida dari DNA.

Sebenarnya, masih banyak contoh lain dari sumber daya pada NCBI, namun karena sumber daya tersebut sangat banyak tidak bisa ditampilkan satu-persatu.

ncbi_blast

Fasilitas

   Fasilitas yang diberikan dari situs ini dapat dibagi dalam 3 bagian:

  1. Database: NCBI memberikan akses ke database yang sangat besar dan luas bagi pengunjungnya, sehingga memberikan kemudahan bagi pengunjung untuk mencari data yang diinginnkan. Salah satu contoh database dari NCBI adalah database Biosample.
  2. Pengunduhan data dan perangkat lunak dari NCBI: Data dan perangkat lunak yang berasal dari NCBI sangatlah kaya dan banyak, apalagi ditambah dari sumber daya NCBI yang luar biasa banyak. Contoh perangkat lunak yang bisa diunduh dari NCBI adalah  BLAST.
  3. Pengumpulan: Salah satu fasilitas pengumpulan dari NCBI adalah BioProject Submission. Bentuk online yang menyediakan antarmuka bagi para peneliti, konsorsium dan organisasi untuk mendaftarkan BioProjects mereka. Ini berfungsi sebagai titik awal untuk pengajuan data genom dan genetik untuk penelitian.
  4. Alat: NCBI sangatlah kaya akan alat-alat, berbagai alat yang disediakan NCBI akan memudahkan pengunduhnya untuk melakukan berbagai pekerjaan molekuler. Contohnya adalah Amino Acid Explorer, alat ini memungkinkan pengguna untuk mengeksplorasi karakteristik asam amino dengan membandingkan sifat struktural dan kimia, memprediksi perubahan urutan protein disebabkan oleh mutasi, melihat substitusi umum, dan browsing fungsi residu diberikan dalam domain dilestarikan.

   Jasa-jasa

Jasa-jasa yang ditawarkan oleh NCBI adalah sebagai berikut

  1. Mengembangkan metode baru untuk menangani volume dan kompleksitas data meneliti ke metode yang dapat menganalisis struktur dan fungsi makromolekul.
  2. Menciptakan sistem komputerisasi untuk menyimpan dan menganalisis data tentang biologi molekuler.
  3. Menyediakan akses ke analisis dan alat komputasi (yang memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak) untuk peneliti dan publik. Dalam proses pengembangan database, NCBI membentuk standar database seperti nomenklatur database yang juga digunakan oleh non-database NCBI.

Pelatihan

   NCBI sendiri kerap mengadakan pelatihan-pelatihan dalam bentuk workshop. Setiap tahunnya, NCBI biasanya akan mengadakan tiga workshop rutin yang diberi judul Discovery Workshop. Discovery Workshop diadakan selama 2,5 jam setiap sesinya. Ada empat modul yang ditawarkan dari Discovery Workshop ini. Modul tersebut antara lain Sekuens, Genom, dan Peta; Protein, Domain, dan Struktur; Layanan NCBI BLAST; serta Variasi Manusia dan Gen Penyakit.

  Selain Discovery Workshop, NCBI juga mengadakan NNLM Regional Workshop. Workshop ini merupakan kolaborasi antara NCBI dengan Perpustakaan Medis Regional. Workshop ini akan diselenggarakan di institusi-institusi regional yang memiliki fasilitas yang memadai. Workshop ini terbilang baru, karena baru saja diadakan tahun 2010 lalu. Workshop yang paling dekat diadakan saat ini adalah workshop pada bulan Oktober tanggal 10-11 di Universitas Colorado.

Written by:

Welianto Chandra 090801107

Veryco Budianto 110801188

Florentia Shella Ariantya 110801214


12 responses to “NCBI: Situsnya Para Biologis”

  1. alfonslie says:

    Info yang sangat menarik. keep blogging 🙂

  2. biolin says:

    blog yang sudah cukup berbobot, keep developping. . . . ! ^^

  3. lidia says:

    informasi yang diberikan beda dari yang lain. wawasan tentang NCBI semakin bertambah

    nice posting. keep blogging 🙂

  4. Vincentius Yafet Winata says:

    Sudah cukup lengkap dan padat, sayang dibagian resources masih dapat dikembangkan lagi
    overall good job bro 🙂

  5. Dominikus Bagas Hardiprasetya says:

    Tulisan yang bagus dan informatif. Selalu update hal-hal yang baru, terutama yang berkaitan dengan biologi. Keep blogging.

  6. juventini46 says:

    Sip….. Sip…..
    Isinya sudah lengkap dan yang tak kalah pentingnya tampilannya juga menarik…
    Lanjutkan karya-karya kalian …….

Leave a Reply to gnosis Cancel reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php