Fernando Natanael

SNP marker: Harapan Baru Melawan Wildlife Crime

Posted: August 30th 2015

Pernahkah anda mendengar istilah “Wildlife Crime”? Jika belum, Lihatlah pada gambar-gambar dibawah ini.

New Picture

Gambar 1. Contoh wildlife crime, perburuan dan perdagangan satwa liar yang dilindungi.

  Apa yang terbesit dipikiran anda setelah melihat gambar-gambar tersebut? “ihh sadis”, atau “waduh, tega banget ya…”. Nah, itulah salah satu contoh wildlife crime. Wildlife crime merupakan salah satu kegiatan kejahatan yang dilakukan terhadap satwa-satwa liar, terutama satwa-satwa liar yang dilindungi. Kejahatan ini sekarang sudah banyak sekali terjadi. Salah satunya adalah perburuan dan perdagangan satwa liar. Perdagangan satwa liar secara illegal pun kini semakin meluas, bahkan bukan hanya menjadi masalah nasional, tetapi juga internasonal. Di Asia, Indonesia sebagai negara “Mega diversitas” telah menjadi salah satu pemasok terbesar produk satwa liar.  Satwa-satwa yang telah digolongkan ke dalam The IUCN Red List of Threatened species pun bahkan seringkali menjadi sasaran untuk perdagangan ini.

        Menurut IUCN, telah terdapat 107 spesies mamalia dan burung di Indonesia yang terdaftar sebagai satwa yang terancam punah, hal ini disebabkan karena eksploitasi yang berlebihan terhadap satwa-satwa tersebut. Sebagai salah satu contoh yaitu kasus penangkapan dua orang pelaku perdagangan satwa yang dilindungi berhasil ditangkap pada 19 Mei 2015 oleh BKSDA DKI Jakarta. Dari tangan kedua pelaku diperoleh 2 harimau sumatera awetan, 1 macan dahan awetan, 1 ekor penyu awetan, dan 1 kepala rusa awetan. Semua barang bukti ini ditaksi kira-kira mencapai Rp 250 juta. Tidak hanya warga sipil biasa yang melakukan pelanggaran ini, yang lebih mirisnya lagi ditemukan kasus seorang “Polisi Hutan” pun menjual satwa. Dari tangan si polisi hutan ini disita dua ekor kukang (Nycticebus coucang) dan seekor elang jawa (Nisaetus bartelsi) yang keduanya termasuk kedalam satwa liar yang dilindungi di Indonesia. SUNGGUH MIRIS SEKALI!!!

         Jika hal yang serupa ini masih terus terjadi, bagaimana nasib satwa liar asli Indonesia? Apa kita harus menunggu sampai semua satwa liar di Indonesia ini punah? Apa kita mau sampai saatnya dimana anak cucu kita tidak dapat lagi melihat satwa-satwa liar kebanggaan Indonesia ini? Saya rasa TIDAK! Sudah saatnya sebagai generasi muda kita lebih peduli dan menggalakkan konservasi terhadap satwa-satwa yang dilindungi. Untuk itu perlu adanya penegakan hukum di bidang konservasi, terutama pada bidang perdagangan satwa liar. Dalam penegakan hukum perdagangan satwa liar maupun bagian tubuhnya sangat memerlukan bukti ilmiah, salah satunya dengan cara genetika forensik.

     Menurut Herawati Sudoyo dari Eijkman yang sempat diwawancarai oleh kompas pada sebuah seminar yang bertema “Capacity Building in Wildlife Conservation and Forensic Genetics” mengatakan proses pembuktian pelaku penjualan bagian tubuh satwa liar sering kali sulit dilakukan. Pelaku bisa saja mengaku mengambil bagian tubuh yang bukan satwa liar. Hal ini disebabkan karena pembuktian secara fisik sulit dilakukan, oleh karena itu dibutuhkan genetika forensik untuk menjawab permasalahan ini. 

         Salah satu aplikasi dari identifikasi dengan genetika forensic adalah “Wildlife DNA forensic”Wildlife DNA forensic adalah bidang terapan yang muncul dari perpaduan antara penelitian konservasi genetik dengan praktek genetika forensik untuk memenuhi meningkatnya kebutuhan alat investigasi dalam penegakan hukum satwa liar. Pendekatan genetik forensik semakin sering digunakan untuk mendukung pemantauan perdagangan dan penegakan seluruh dunia (Ogden et al, 2009). Ketersediaan penanda (marker) genetik molekuler merupakan dasar untuk pengembangan dan penyediaan tes analitis. Meluasnya penggunaan polimorfisme nukleotida tunggal/single-nucleotide polymorphisms (SNP) dalam penelitian spesies model dan aplikasi selanjutnya untuk studi ekologi molekuler (Morin et al, 2004; Garvin et al, 2010). Karena itu kali ini saya akan sedikit berbagi ilmu tentang potensi dari SNP marker serta penemuan dan genotip teknologi yang terkait untuk menjawab masalah dalam penegakan hukum terhadap kejahatan pada satwa liar.

           Menurut Yuskianti (2012), SNP adalah sebuah perubahan komposisi nukelotida di sekuens DNA pada satu posisi tertentu. SNP juga merupakan variasi pada satu posisi dalam urutan DNA di antara individu. Untuk lebih memahaminya, dapat kita lihat pada gambar dibawah ini.

New Picture (3)

Gambar 2. Salah satu contoh single-nucleotide polymorphisms (SNP)

       Dari video lebih dibahas SNP pada manusia, karena telah banyak penelitian SNP yang dilakukan pada banyak spesies model (misalnya manusia, sapi, babi, domba) yang referensi genom telah ditetapkan serta database marker SNP nya telah tersedia. Teta[i penelitian SNP pada satwa liar masih minim. Secara dasar dipahami bahwa SNP mengkodekan variasi pada satu posisi dalam urutan DNA di antara individu. Hal inilah yang menyebabkan adanya perbedaan genotip dan fenotip antara satu orang dengan orang lainnya. Selain pada manusia, SNP juga memiliki prinsip yang sama pada satwa. Dasar inilah yang memungkinkan SNP dapat digunakan untuk mendeteksi dan menganalisi suatu spesies tertentu. Dalam pendekatan berdasarkan ukuran fragmen DNA, variasi urutan DNA juga diakui sebagai metode yang potensial untuk identifikasi bahan biologis, terutama untuk tingkat spesies dalam penyelidikan kejahatan terhadap satwa liar (Cronin et al 1991;. Baker & Palumbi 1994; DeSalle & Birstein 1996). Pada pendekatan forensik ini dibutuhkan marker molekuler untuk validitas sebelum digunakan dalam analisis sampel bukti yang terkait dengan kejahatan satwa liar. Sebagai contoh, standar yang diakui secara internasional untuk validasi forensik DNA marker mencakup informasi pada spesifisitas marker, sensitivitas, kondisi amplifikasi dan kualitas data (SWGDAM, 2003).

              Pada level identifikasi spesies, sekuensing DNA dikombinasikan dengan referensi sekuen perbandingan merupakan metode standar untuk analisis forensik (Carracedo et al, 2000). Analisis marker SNP individu menawarkan alternatif yang berguna, yang memungkinkan untuk mendeteksi spesies target tertentu dalam campuran atau produk olahan, misalnya obat-obatan tradisional (Hsieh et al, 2003; Peppin et al,2008) dan bahan makanan (Gil, 2007). Mengurangi total informasi urutan DNA pada satu set marker SNP dapat menyebabkan sampel-sampel yang ada dapat teridentifikasi secara spesifik, bahkan tanpa adanya pengetahuan sebelumnya tentang asal-usul sampel. Hal ini dapat dilihat pada table 1.

Tabel 1. Perbandingan karakteristik penanda molekuler yang relevan dengan forensik satwa liar DNA. SNP menawarkan potensi terbesar untuk pengembangan penanda forensik rutin.

New Picture (4)

         Dari table yang ada, kita dapat mengetahui bahwa dengan SNP kita dapat melakukan identifikasi spesies dan dapat diketahui asal geografis serta asal usul dari suatu satwa. Selain itu data SNP ini juga lebih mudah untuk ditransfer jika ingin digunakan. Sistem genetik forensik untuk menentukan keturunan, misalnya untuk memverifikasi klaim penangkaran (Dawnay et al. 2009), untuk mencocokkan sampel kembali ke hewan asal seperti dalam kasus penyelidikan perburuan (Lorenzini, 2005) atau untuk menetapkan asal geografis dari sampel memerlukan panel dari profil marker yang telah tervalidasi dan mengatur referensi data populasi.

            Menurut Yuskianti (2012), keunggulan marker SNP adalah merupakan marker yang bersifat langsung (direct marker), memiliki potensi untuk membuat peta gentik yang memiliki densitas yang tinggi (very high-density genetic maps). Keunggulan lainnya adalah tingkat mutasi pada SNP yang rendah, lebih stabil dan pewarisannya lebih tinggi dibandingkan dengan SSR(simple sequence repeat) dan AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), data yang dihasilkan lebih mudah untuk dibaca. Jika dibandingkan dengan mikrosatelit, SNP membutuhkan sumberdaya serta data populasi yang lebih sedikit untuk melakukan validasi forensik. Volume, repeatability dan akurasi SNP lebih tinggi jika dibanding dengan mikrosatelit. Biaya SNP juga lebih rendah yaitu sekitar 5 kali hingga 10 kali lebih rendah dibandingkan dengan mikrosatelit.

          Jika penemuan awal marker SNP pada spesies non-model terus dilakukan dengan proses yang efektif, maka marker SNP kemungkinan akan muncul sebagai marker pilihan untuk aplikasi forensik satwa liar DNA. Hal ini dikarenakan pendekatan untuk penemuan SNP untuk spesies satwa liar secara ekonomi lebih murah. Sejumlah pendekatan baru-baru ini dikembangkan dengan memanfaatkan kekuatan dari high-throughput sequencing untuk menemukan penanda SNP pada spesies non-model dalam banyak kasus untuk langsung mendukung pengembangan sistem identifikasi genetik forensik. Penemuan SNP dengan menggunakan high-throughput sequencing memiliki masalah pada ukuran dari genom, Untuk mencapai kedalaman urutan yang cukup pada setiap lokus terhadap identifikasi SNP, proporsi genom yang ditargetkan untuk sequencing harus dikurangi.

       Setelah selesai proses awal penemuan SNP, tantangan utama berikutnya terkait dengan penggunaan teknologi genomik pada forensik satwa liar yang memilih dan memproses volume data SNP lokus untuk aplikasi identifikasi. Praktisi forensik satwa liar DNA biasanya melakukan pengembangan dan analisis terhadap puluhan marker, bukan puluhan ribu marker yang tersedia. Penemuan dan aplikasi dari marker SNP memiliki potensi yang sangat besar untuk meningkatkan jumlah jangkauan dan ketersediaan sistem identifikasi berbasis DNA untuk mendukung langkah-langkah konservasi.

Image credit and Reference:

Baker CS, Palumbi SR (1994) Which whales are hunted? – a molecular genetic approach to monitoring whaling.Science,265, 1538–1539.

Carracedo A, Bar W, Lincoln Pet al.(2000) DNA commission of the international society for forensic genetics, guidelines for mitochondrial DNA typing.Forensic Science International,110, 79–85.

Cronin MA, Palmisciano DA, Vyse ER, Cameron DG (1991) Mitochondrial-DNA in wildlife forensic-science – species identification of tissues.Wildlife Society Bulletin,19, 94–105.

Dawnay N, Ogden R, Wetton JH, Thorpe RS, McEwing R (2009) Genetic data from 28 STR loci for forensic individual identification and parentage analyses in six bird of prey species.Forensic Science International, 3,e63–e69

DeSalle R, Birstein VJ (1996) PCR identification of black caviar.Nature, 381, 197–198.

Garvin MR, Saitoh K, Gharrett AJ (2010) Application of single nucleotide polymorphisms to non-model species: a technical review.Molecular Ecology Resources,10, 915–934.

Gil LA (2007) PCR-based methods for fish and fishery products authentication.Trends in Food Science & Technology,18, 558–566.

Hsieh HM, Huang LH, Tsai LCet al.(2003) Species identification of rhinoceros horns using the cytochrome b gene.Forensic Science International,136, 1–11.

http://internasional.kompas.com/read/2012/06/21/19341453/forensik.satwa.liar.membantu.penegakan.hukum

http://programs.wcs.org/indonesia/AboutUs/LatestNews/tabid/6824/articleType/ArticleView/articleId/6769/language/en-US/Pelaku-Perdagangan-Harimau-Awetan-Ditangkap-di-Bintaro.aspx

http://programs.wcs.org/indonesia/AboutUs/LatestNews/tabid/6824/articleType/ArticleView/articleId/1029/language/en-US/Polisi-Hutan-Jual-Satwa.aspx

http://programs.wcs.org/indonesia/en-us/initiatives/wildlifecrimesunit.aspx

Lorenzini R (2005) DNA forensics and the poaching of wildlife in Italy, A case study.Forensic Science International,153, 218–221.

Morin PA, Luikart G, Wayne RK, Grp SW (2004) SNPs in ecology, evolution and conservation.Trends in Ecology & Evolution,19, 208–216.

Ogden R, Dawnay N, McEwing R (2009) Wildlife DNA forensics – bridging the gap between conservation genetics and law enforcement. Endangered Species Research,9, 179–195

Peppin L, McEwing R, Carvalho GR, Ogden R (2008) A DNA based approach for the forensic identification of Asiatic Black Bear (Ursus thibetanus) in a traditional Asian medicine.Journal of Forensic Sciences, 53, 1358–1362

SWGDAM. (2003) Revised validation guidelines. Available at http:// www.cstl.nist.gov/div831/strbase/validation/SWGDAM_ Validation. doc. Accessed on 20th July 2010.

Yuskianti, V. 2012. Penanda Single Nicleotide Polymophisms(SNPS) untuk Identifikasi Genetik di Sengon (Falcataria moluccana) dan Acaxcia hibrida. Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan (B2PBTH), Yogyakarta.


3 responses to “SNP marker: Harapan Baru Melawan Wildlife Crime”

  1. aldwint says:

    Penggunaan SNP patut dicoba untuk mendokumentasikan biodiversitas, sebagai marker genetik

  2. valleryathalia says:

    wah miris sekali.. semoga aplikasi dari marker SNP mampu mendukung usaha konservasi binatang-binatang korban kriminal yaa

  3. Natalia Cinthya Deby says:

    Belum banyak memang yg tau tentang SNP ini, tapi ternyata cukup diberi apresiasi atas kemampuannya dlm mengatasi wild life crime,

    Nah ini tantangan buat kita semua dari segala lapisan masyarakat yang “memang punya hati” utk mengatasi hal ini, apakah mau untuk terus mengembangkan SNP ini agar wildlife crime ini bisa terus diminimalkan, tentu dengan peraturan legal yang mendukung..

Leave a Reply to aldwint Cancel reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php