Apakah kamu tahu?

Filogenetik+Biogeografi=???

Posted: September 1st 2015

Halo teman-teman bloggers piye kabare. Masih ingatkan pelajaran semasa di bangku SMA yaitu pelajaran yang banyak hapalannya tentunya biologi. Pelajaran ini perlu orang-orang yang memiliki tingkat hapalan yang kuat termasuk saya. Mungkinkah pelajaran biologi ini yang menjadi pertimbangan masuk jurusan IPA atau IPS? Ya, itu masa lalu dan biarkanlah.

Pelajaran geografi masih ingat dong! Ini pelajaran yang membuat kita bisa mengenal dan letak suatu Negara, terasa seperti mengunjungi Negara.

Nah, ada cabang ilmu gabungan dari biologi dan geografi menjadi biogeografi. Menurut Shekelle dan Leksono (2014), biogeografi adalah ilmu yang mempelajari tentang distribusi flora dan fauna secara menyeluruh karena flora dan fauna dapat tersebar secara tidak acak, namun hanya dijumpai pada daerah-daerah tertentu.

Apa hubungannya dengan ekologi molekuler?

Ada ilmu yang mempelajari tentang klasifikasi berdasarkan morfologi, anatomi, dan molekuler yaitu filogenetik. Menurut Hidayat dan Pancoro (2006), dengan pesatnya perkembangan teknik-teknik di dalam biologi molekuler, seperti PCR (polymerase chain reaction) dan sikuensing DNA, penggunaan sikuen DNA dalam penelitian filogenetika telah meningkat pesat dan telah dilakukan pada semua tingkatan taksonomi, misalnya famili, marga, dan species. Filogenetika molekuler mengkombinasikan teknik biologi molekuler dengan statistik untuk merekonstruksi hubungan filogenetika.

Sekilas tentang ilmu yang berkaitan dengan molekuler, sekarang menyambung ke ekologinya.

Gabungan antara filogenetik dan biogeografi memunculkan suatu ilmu yang baru yaitu filogeografi. Filogeografi merupakan ilmu yang menggunakan data biogeografi untuk dilakukan analalisis filogenetik untuk mengetahui hubungan kekerabatan pada pola penyebaran organisme dari data biogeografi tersebut. Jadi ekologi berkaitan dengan biogeografi dan molekuler dengan filogenetik.

Contoh Penelitian:

PREDIKSI SILSILAH POPULASI LALAT Chysomya bezziana BERDASARKAN

PARSIMONI STATISTIK (PROGRAM TCS) MENGGUNAKAN DATA SEKUEN GEN

DNA MITOKONDRIA DAN INTI (Wardhana, 2013)

Hasil penelitian:

Berdasarkan analisis parsimoni statistik terhadap 715 bp gen cyt b dari 754 sampel dengan taraf kepercayaan 95%, telah teridentifikasi sebanyak 37 sekuen DNA yang unik (haplotipe), yiatu 28 (75,7%) diantaranya ditemukan di kepulauan Indonesia. Jejaring silsilah (genealogical network) gen cyt b terlihat komplek karena DNA mitokondria memiliki angka evolusi yang tinggi. Nenek moyang (ancestor = yang berbentuk kotak, berwarna coklat) C. bezziana dari Afrika terlepas dari jejaring silsilah (genealogical network) populasi Asia (Gambar 1). Hasil ini menunjukkan bahwa populasi C. bezziana di dunia terjadi dari dua garis keturunan (lineage), yaitu Afrika (lineage 1) dan Asia (lineage 2), yang mengindikasikan adanya dua spesies atau sub spesies yang berbeda.

 

Populasi C. bezziana Asia sendiri terbagi menjadi tiga sub lineages yang terpisahkan oleh 2 – 4 langkah mutasi dan masing-masing sub lineage terpendar sebanyak 1 – 4 langkah mutasi. Sub lineage 2.1 terdapat di Yaman, Oman, Saudi Arabia, Iraq, Iran, India, Hong Kong, Malaysia, Kalimantan dan Sumatra (Bukit Tinggi dan Lampung), sedangkan sub lineage 2.2 dan 2.3 hanya ditemukan di Indonesia, yaitu dari Pulau Sumatra hingga Papua Barat (Gambar 1).

Untitled2

Gambar 1. Hubungan silsilah populasi lalat myiasis, C. bezziana yang berasal dari Afrika, daratan Asia termasuk daerah Teluk (Timur Tengah) dan Indonesia berdasarkan haplotipe cyt b yang diestimasi dengan TCS program versi 1.21. Terlihat adanya 2 lineages (2 garis keturunan), yaitu Afrika dan Asia. Ukuran lingkaran mengidentifikasikan jumlah spesimen yang tergabung dalam satu haplotipe tertentu. Satu cabang mengindikasikan adanya satu mutasi. Titik-titik kecil mengindikasikan dugaan haplotipe lain yang belum teridentifikasi dalam studi ini (Sumber: Wardhana, 2013).

Nah, teman-teman bloggers itulah contoh hasil penelitian singkat, penelitian ini menggunakan program computer untuk menyusun hubungan kekerabatan dan mengetahui adanya mutasi serta pembagian silsilah populasi pada lalat myiasis yang menggunakan data sekuen DNA mitokondria dan inti. Banyak penelitian lain yang tidak dapat saya tampilkan, buat teman blogger yang konsentrasi lingkungan mungkin dapat ide penelitian tentang filogeografi, ya mungkin sulit pada taksonominya. Setidaknya dapat pengetahuanlah bagi teman bloggers. Sekian penulisan blog kali ini mengenai filogeografi. Terima kasih atas kunjungannya bloggers.

 

Sumber:

 

Shekelle, M dan Leksono S. M. Strategi Konservasi di Pulau Sulawesi dengan Menggunakan Tarsius sebagai Flagship Spesies. Biota, Vol. IX (1): 1-10, Februari 2004.

Hidayat T dan Pancoro A. Kursus Singkat Aplikasi Peramgkat Lunak PAUP dan MrBayes untuk Penelitian Filogenetika Molekuler SITH-ITB 2006.

Wardhana, A. H. Prediksi Silsilah Populasi Lalat Chysomya bezziana Berdasarkan Parsimoni Statistik (Program TCS) Menggunakan Data Sekuen Gen DNA Mitokondria dan Inti. Informatika Pertanian, Vol. 22 (2): 65 – 72, Desember 2013.


Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php