David Cees

Brantas Kematian Sumber Minyak Kita dengan Aplikasi Molekuler

Posted: August 22nd 2017

Shalom Kaula Muda. kali ini, blog ini membahas mengenai penyakit yang kerap menyerang perkebunan kelapa sawit, Ya dia adalah BPB yang merupakan singkatan dari Busuk Pangkal Batang. Busuk pangkal batang (BPB) atau basal stem rot (BSR) merupakan penyakit serius yang menyerang kelapa sawit (Elaeis guineen­sis). Penyakit ini disebabkan oleh cendawan pelapuk putih Ganoderma spp.. Sampai saat ini ada 15 spesies yang dilaporkan berasosiasi dengan BPB, di antaranya G. boninense, G. chalceum, G. miniactocinctum, G. tornatum, dan G. zonatum. Ganoderma boninense lebih virulen daripada spesies lainnya sebagai pe­nyebab BPB pada beberapa kasus (Ho dan Nawawi 1985).

Pada awalnya, penyakit ini dilaporkan hanya menyerang kelapa sawit yang telah cukup tua, namun dalam sepuluh tahun terakhir ini penyakit BPB dilaporkan terjadi pada kelapa sawit muda yang berumur setahun. Penyakit BPB semakin berbahaya bagi kelapa sa­wit muda di area yang sebelumnya ditanam dengan kelapa atau perkebunan sekunder (Turner 1965).

Dari penelitian yang telah dilakukan  Maria dkk., 2012, diketahui bahwa terdapat salah 1 spesies jamur yang berasosiasi dengan penyakit BPB, yaitu Ganoderma spp . Dalam penelitian ini, sejumlah isolat Ganoderma spp. berhasil diisolasi dari tanaman kelapa sawit yang terserang penyakit busuk pangkal batang (BPB) di perkebunan kelapa sawit Padang dan Pontianak.

Secara nasional, tingkat serangan Ganoderma spp. mencapai 20%, yang diperkirakan menyebabkan kerugian lebih dari Rp40 trilyun setiap tahun. Untuk mengontrol BPB, pengetahuan ten­tang ciri, sifat, dan perilaku dari Ganoder­ma spp. sangat diperlukan. Salah satu tahap awal untuk karakterisasi ialah identifikasi secara molekuler

Keragaman genetika isolat tersebut dianalisis berdasarkan pada sekuen internal transcribed spacer (ITS) di daerah DNA ribosom. Selain itu, analisis restriction fragment length polymorphism (RFLP) juga dilakukan untuk menentukan keterkaitan isolat tersebut dengan penyakit BPB.

Ganoderma spp. yang diisolasi memiliki keragaman yang tinggi dan tidak terdapat pengelompokan yang jelas antara isolat yang berasal dari Padang dan Pontianak. Ini menunjukkan bahwa pertukaran DNA di antara Ganoderma spp. yang menyerang kelapa sawit cukup sering terjadi. Hal ini mungkin disebabkan karena Ganoderma spp. bersifat heterotalik, ketika rekombinasi DNA terjadi pada reproduksi seksual antara talus yang berbeda.

Analisis RFLP menunjukkan bahwa semua fragmen ITS dari isolat Ganoderma spp. terpotong oleh enzim restriksi MluI dan SacI. Hal ini mengindikasikan bahwa isolat-isolat Ganoderma spp. ini spesifik untuk kelapa sawit dan berasosiasi dengan penyakit BPB.

Karak­terisasi secara molekuler pada cendawan sudah banyak digunakan untuk mengatasi permasalahan tersebut. Daerah internal tran­scribed spacers (ITS) merupakan daerah sek­uen DNA yang tidak menyandikan protein fungsional dan berada di daerah RNA ribo­som (rRNA). Daerah ini dapat digunakan sebagai penanda genetika karena memiliki variasi sekuen yang cukup tinggi bahkan dalam spesies yang sama. Oleh karena itu, ITS banyak digunakan untuk analisis filogeni, proses evolusi, dan penentuan identitas taksonomi (Powers et al. 1997). Kombi­nasi perbandingan sekuen daerah ITS dengan penggunaan metode restriction frag­ment length polymorphism (RFLP) sangat berguna untuk mempelajari variasi gene­tika pada Ganoderma spp. Sehingga metode yang cocok digunakan adalah metode ITS-PCR-RFLP.

Dari penelitian yang dilakukan oleh Maria dkk., 2012, secara keseluruhan sebanyak 39 sampel berupa tubuh buah dan batang terinfeksi ber­hasil dikoleksi dari perkebunan kelapa sawit di Padang dan Pontianak. Berdasarkan pada morfologi tubuh buah, keragaman Ganoder­ma spp. di kedua perkebunan tersebut cukup tinggi. Ganoderma sp. dari tu­buh buah dan jaringan batang tanaman sawit yang terinfeksi berhasil diisolasi

Amplifikasi PCR menggunakan primer ITS1 dan ITS4 menghasilkan pita pada ukuran sekitar 650 pb. Hasil analisis sekuen ITS dari 39 isolat menunjukkan bahwa keragaman genetikanya cukup tinggi. Dari 39 isolat, satu bukan merupakan spesies Ganoderma spp.

Hasil pemotongan daerah ITS1–ITS4 dengan enzim restriksi MluI menghasilkan po­tongan sekitar 113 pb dan 537 pb, sementara enzim SacI memberikan pita sekitar 127, 523, dan 650 pb. Pemotongan enzim restriksi dilakukan secara in silico de-ngan software Geneious.


Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2017 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php