Citra Yuniarti FTB 2014

Aplikasi Ekologi Molekuler dalam Analisis Hubungan Filogenetik Mangrove

Posted: August 22nd 2017

Halo teman-teman! Kali ini saya akan membagikan sedikit informasi yang berkaitan dengan salah satu mata kuliah yang sedang saya ambil, yaitu ekologi molekuler dan contoh kasus yang memakai pendekatan ekologi molekuler. Pengertian ekologi molekuler secara luas adalah aplikasi dari metode genetika molekuler terhadap permasalahan ekologis. Teknik molekuler dapat dipakai untuk memecahkan permasalahan ekologis yang selama ini belum dapat diselesaikan dengan teknik konvensional.

Contoh kasus yang memakai pendekatan ekologi molekuler yang akan dibahas ialah mengenai analisis hubungan filogenetik secara molekuler beberapa jenis mangrove yang berada di Pulau Penjarangan Kawasan Ujung Kulon.

Gambar 1. Hutan Mangrove

(Sumber gambar: www.tataruangpertanahan.com)

Mangrove merupakan kelompok tumbuhan yang kerap dijumpai di pantai yang memiliki fungsi ekologis yang penting karena perannya sebagai tempat bagi sejumlah biota air untuk berasosiasi sebab memiliki banyak pasokan nutrien yang didaur ulang secara in-situ melalui jaring-jaring makanan yang berbasis detritus. Tingkat keanekaragaman genetik pada organisme dapat diketahui dengan membandingkan tingkat polimorfisme DNA. Pada kasus ini, tingkat polimorfisme DNA pada mangrove akan dilihat untuk mendapatkan tingkat keanekaragaman genetiknya dan bisa dipakai untuk menelusuri hubungan filogenetiknya.

Untuk menganalisa secara molekuler, hal yang pertama dilakukan adalah mengambil sampel mangrove yang dilakukan di beberapa titik di Pulau Penjarangan. Sampel yang diambil sebanyak 20 sampel yang berupa daun muda dari tiap jenis mangrove lalu DNA-nya diisolasi dengan metode CTAB.

Gambar 2. Visualisasi hasil elektroforesis DNA genom

Isolat DNA diukur kemurnian dan konsentrasinya dengan spektrofotometer. Kemurnian DNA dilihat dari nilai rasio absorbansi A260/280 (R) sedangkan konsentrasi DNA ditunjukkan dengan nilai konsentrasi (C). Nilai konsentrasi (C) yang baik untuk PCR berkisar antara 0,5-6,5 µg/ml dan konsentrasi DNA yang tinggi digunakan sebagai template untuk PCR. Isolat DNA tersebut diamplifikasi dengan metode PCR-RAPD, selanjutnya dielektroforesis dengan marka DNA Lambda.

Gambar 3. Hasil Amplifikasi DNA dengan variasi primer OPA

Pada gambar 3 terlihat pola larik hasil amplifikasi DNA yang terbentuk karena ada perbedaan urutan nukleotida pada tempat penempelan primer. Pola larik tersebut diterjemahkan dalam bentuk data numerik. Larik yang hadir diterjemahkan ke dalam angka satu (1) dan larik yang tidak hadir diterjemahkan ke angka nol (0). Penerjemahan pola larik ke dalam data numerik dilakukan tanpa membedakan tebal tipisnya larik DNA. Data numerik yang dihasilkan dihitung koefisien kesamaannya lalu hasil perhitungan koefisien eksamaan tersebut dibuat ke dalam bentuk fenogram dengan metode UPGMA menggunakan program NTSYS-pc.

Gambar 4. Fenogram kesamaan genetik hasil analisis UPGMA

Fenogram tersebut merupakan hasil analisis UPGMA dengan memakai gabungan primer OPA-02 dan OPA-11. Dari 20 isolat DNA yang ada hanya 4 isolat DNA yang berhasil diamplifikasi yaitu sampel 6, 7, 10 dan 12. Sampel 6 dan 12 termasuk genus Rhizopora dari famili Rhizophoraceae, sampel 7 termasuk genus Xylocarpus dari famili Meliaceae dan sampel 10 termasuk dalam genus Avicenia famili Verbenaceae.

Kesimpulan yang bisa ditarik dari penelitian ini adalah:

  1. Metode RAPD dapat dipakai untuk melihat polimorfisme DNA genom tanaman mangrove di Pulau Penjarangan.
  2. Primer OPA-02 dan OPA-11 dapat dipakai untuk melihat polimorfisme tanaman mangrove yang berbeda famili.
  3. Hasil analisis hubungan filogenetik molekuler beberapa jenis mangrove di Pulau Penjarangan kawasan Ujung Kulon memiliki hubungan yang tidak berbeda dengan klasifikasi morfologinya.

Daftar Pustaka:

Riyantini, I., Mulyani, Y., Agung, M.U.K. 2014. Hubungan Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Mangrove di Pulau Penjarangan, Ujung Kulon, Provinsi Banten. Jurnal Akuatika 5(1): 63-70.


One response to “Aplikasi Ekologi Molekuler dalam Analisis Hubungan Filogenetik Mangrove”

  1. methodius14 says:

    Artikel yang cukup menarik. Dari analisis molekuler mangrove kita bisa melihat hubungan kekerabatan antar daerah. Dengan ini kita bisa lihat pola persebaranya juga. Cukap memberi inspirasi dan ilmu.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2017 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php