A Biological Journey

ELEKTROFORESIS GEL AGAROSE

Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmen-fragmen molekul DNA standar yang telah diketahui ukurannya. Visualisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dahulu gel direndam di dalam larutan etidium bromid.

Gel yang biasa digunakan adalah agarosa. Gel agarosa adalah suatu polisakarida yang diekstraksi dari berbagai jenis ganggang merah, atau poliakrilamid yang mampu melakukan separasi DNA dengan kisaran ukuran yang luas. Dengan gel agarosa dapat dilakukan pemisahan sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (pb).

Elekroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang antara 100bp-50 kb tergantung dari konsentrasi gel agarose yang digunakan, medan gerak biasanya horizontal dan mempunyai laju pemisahan lebih cepat.

Cara pembuatan gel agarose yaitu:

1. Tentukan konsentrasi atau presentase agarose yang dibutuhkan dan hal ini tergantung dari ukuran fragmen DNA yang dianalisis. Presentase gel agarose yang direkomendasikan, adalah sebagai berikut:
   1. 0,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 1000-30.000pb
   2. 0,7% agarose untuk fragmen DNA berukuran 800-12.000pb
   3. 1,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 200-3.000pb
   4. 2,0% agarose untik fragmen DNA berukuran 50-20.000pb
   5. Pilih tipe agarose yang digunakan. Kebanyakan tipe yang digunakan adalah standart agarose. Misalnya telah ditentukan akan dibuat 2% gel agarose dalam volume 200 ml 1x buffer TAE, maka jumlah agarose yang akan ditimbang yaitu: 2 gram/100ml x 200ml=4 gram.
   6. Tempatkan 4 gram agarose ke dalam labu erlenmeyer dan isi dengan larutan 1X Buffer TAE sampai volume 200ml, kemudian kocok sampai merata.
   7. Panaskan dalam microwave sampai mendidih sampai larutan menjadi jernih.
   8. Didinginkan agarose kira-kira sampai 60⁰C dan tambahkan 5µl ethidium bromide (10mg/ml) dan campur hingga merata.
   9. Setelah itu larutan dituang ke dalam tray dan pasang well-forming combs, tunggu kurang lebih 30 menit atau sampai gel mengeras. Lepaskan well-forming combs secara perlahan-lahan dan gel agarose siap digunakan untuk elektroforesis.

Terimakasih telah membaca blog  ini, semoga dapat bermanfaat untuk kalian semua yang membacanya dan selamat mencoba

Sebuah Coretan elektronik, dari Christy riawati(100801130) untuk blog “A biological jurney” (blogs.uajy.ac.id/bihungoreng)

One response to “ELEKTROFORESIS GEL AGAROSE”

1. Joshua says:

   May 27, 2013 at 5:50 am

   Tulisan protokol yang cukup membantu,
   namun kurang tepat untuk tulisan populer karena bahasa yang digunakan kurang mudah dimengerti

   Reply