Mae's Blog

Technology + Science = Already Connected

Posted: August 24th 2015

Polusi

Apa pandanganmu jika ditanya perubahan lingkungan? Polusi, global warming, kebakaran hutan dan pencemaran. Yaps! Perubahan lingkungan saat ini begitu sangat berbeda dengan sebelumnya. Danau dengan air jernih dan ikan yang menari-nari didalamnya kini telah berganti menjadi tempat tumpukan sampah organik dan anorganik. Sungai juga dijadikan tempat pembuangan akhir dari limbah yang bersifat toksik. Sungai yang jernih kini pun menghilang menjadi gelap dan permukaan yang rata dengan sampah. Sungai, danau, sumur  adalah sebagian dari sumber air bagi masyarakat untuk kehidupan sehari-hari, tapi ironis jika sungai yang mengandung bahan toksik dan kotor digunakan oleh masyarakat.

Nyatanya, hal ini lah yang sedang terjadi di lingkungan kita  dimana perkembangan pembangunan dan penduduk yang semakin tinggi. Pencemaran air yang diakibatkan oleh limbah industri, bahan organik dan anorganik  memungkinkan adanya penyakit baru yang belum pernah ditemukan sebelumnya. Hal ini juga akan memperkecil peluang biota air dan memberi peluang untuk berbagai mikrooganisme yang berbahaya bagi tubuh. Pencemaran air tersebut lah yang kemudian mendukung peneliti untuk mengatahui mikroorganisme apa yang ada. Mengandalkan perkembangan IPTEK, akan mempermudah melakukan identifikasi mikrooganisme. Nah, salah satunya  identifikasi dengan DNA Microarray.

images (1)

 

(Sumber: http://bio1151.nicerweb.com/Locked/media/ch21/microarray.html)

Guys tau gak apa itu DNA Mircroarray? Adalah suatu teknologi untuk melihat ekspresi gen dari hibridisasi antara DNA dengan cDNA atau cRNA. DNA microarray ini dapat digunakan untuk melihat perbedaan ekspresi gen antara normal dan abnormal.

DNA microarray adalah teknologi baru yang menggunakan ribuan gen dan untuk melihat ekspresi gen, ekspresi gen yang diketahui akan membuka peluang untuk mengidentifikasi dan dilakukan analisis. Tehnik ini menggunakan chip dan probe, chip berbentuk seperti lempengan yang terbuat dari kaca dan telah didalam chip terdapat tidak hanya ratusan tapi ribuan fragmen gen. Pengerjaan yang dilakukan dengan memanfaatkan probe yang terdiri dari ribuan nukelutida, nuklutida DNA digunakan sebagai probe dan target (cDNA atau cRNA), DNA akan diberi label menggunakan fluoresen. Dengan menggunakan metode hibridasasi dapat mengetahui ekspresi gen yang terjadi.

Pada microarray tersedia kumpulan data gen yang didapat melalui Human Genome Projecy. Microarray memiliki ukuran kurang lebih seperti preparat pada mikroskop, benda kecil ini pada setiap titiknya mengandung banyak informasi genetik. Prinsip kerja dari microarray yaitu hibridisasi mRNA terhadap cCDA atau cRNA yang terdapat didalam di chip. Cara kerja microarray dengan menggunakan dua sampel RNA berbeda, melalui reverse transcription mRNA akan diubah menjadi cDNA. Masing-masing sampel diberi  label berwarna merah dan sampel lainnya berwarna hijau. Kedua sampel kemudian dicampur bersama (target) lalu diaplikasikan pada probe. Chip yang mengandung probe akan diinkubasi selama satu hari. Fungsi dari inkubasi adalah memaksimalan proses hibridisasi  DNA. Setelah melakukan hibridisasi, kemudian melalui scanning slide dimana pada tahap ini akan terlihat ekspresi gen.

Untitled-2

DNA Microarray banyak digunakan dalam bidang medis untuk mengetahui penyakit dan farmasi. DNA microarray juga dapat digunakan untuk mengetahui mikrobia yang terdapat pada lingkungan. Chojniak dkk (2015) telah melakukan penelitian dengan menggunakan tehnik microarray pada kontaminasi air. Adanya limbah dan kandungan bahan kimiawi dapat menyebabkan terjadinya reaksi dengan senyawa kimia lainnya baik yang bersifat sintetik ataupun alami. Penelitian tersebut menggunakan air kolam Kalina yang terkontaminasi fenolik di Upper Silesia, Polandia. Salah satu kandungan yang terdapat dalam sampel adalah fenol. Fenol dapat menyebabkan iritasi pada kulit dan termasuk dalam sifat asam, yang berbahaya apabila sampai terkonsumsi. Fenol sebagai bahan pencemar air dapat dijumpai pada parfum atau juga air sabun atau detergen.

Komponen fenol memiliki konsentrasi yang tinggi dalam penelitian yang dilakukan oleh Chojniak dkk (2015). Tercemarnya air memungkinkan adanya keanekaragaman mikroorganisme ataupun terjadinya mutasi gen. Terdapat berbagai spesies mikrobia yang diperoleh dari kontaminasi tersebut, salah satunya adalah Pseudomonas fluorescens. Bakteri tersebut merupakan bakteri gram negatif dan banyak ditemukan di tanah ataupun lingkungan. Bkateri ini memiliki memiliki fungsi dalam melindungi tanaman dari serangan bakteri patogen dan dikembangakan dalam bidang pertanian.

Selain dalam bidang pertanian, bakteri ini juga mampu melindungi akar tanaman dan menghasilkan antibiotik Mupirocin dan digunakan dalam pengobatan kulit atau krim mata. Bakteri ini juga memiliki kelamahan, bakteri ini dapat menyebabkan infeksi pada pasien kanker, namun peluangnya kecil. Bakteri ini berkembang dengan cepat dan memiliki flagela.

P.fluoresence

(Sumber: http://web.mst.edu/~microbio/BIO221_2009/P_fluorescens.html)

Hal tersebut membuktikan bahwa kita dapat melakukan identifikasi mikroorganisme dengan menggunakan DNA microarray. Dimana prinsipnya merupakan hibridisasi antaran DNA dari sampel dengan target (cDNA atau cDNA). Adapun keuntungan dari menggunakan microarray adalah kita dapat mengetahui ekspresi gen, identifikasi bakteri dan dapat digunakan untuk analisis kuantitatif. Teknik ini juga memiliki kelemahan yaitu membutuhkan waktu yang lama serta membutuhkan alat dan bahan yang tidak sedikit.

Ternyata, microarray tidak hanya dapat digunakan untuk mendeteksi penyakit saja tapi juga untuk identifikasi mikroorganisme. Hal ini menjadi tantangan dan peluang besar untuk mengidentifikasi jenis mikroorganisme apa saja yang terdapat pada lingkungan. More about microarray? Visit this site –> http://learn.genetics.utah.edu , silahkan ketik DNA microarray dan anda akan belajar lebih dalam mengenai bagaimana microarray bekerja, prinsipnya dan lebih banyak lagi.

Okay guys, sekian info dari saya, anyway this is my first time to be here hehehe.. So, I hope this post dapat berguna untuk ngembangin dan nambah pengetahuan kita. Merci beaucoup! See you next post (:

Sources:

http://ijer.ut.ac.ir/article_965_41.html

Nugraha, C. 2014. DNA Microarray. http://dokumen.tips/documents/dna-microarray-55846552b9ff4.html. 29 Agustus 2015

Kushner, D. B. 2007. DNA Microarrays in the Undergraduate Micobiology Lab: Experimentation and Handling Large Datasets in as Few as Six Weeks. Journal of Microbiology & Biology Education 8: 3-12.

BB Biogen. 2010. Pemanfaatan Database Microarray Gen-Gen Padi dengan Teknologi Bioinformatika. http://biogen.litbang.pertanian.go.id/index.php/2010/04/pemanfaatan-database-microarray-gen-gen-padi-dengan-teknologi-bioinformatika/. 22 Agustus 2015.

Chojniak, J., Wasilkowski, D., Plaza, G., Mrozik, A. dan Brigmon, R. 2015. Application of Biology Microarrays Techniques for Charaterization of Functional Diversity of Microbial Community in Phenolic-contaminated Water. International Journal of Environmental Research 9 (3): 785-794.

 

 

 


22 responses to “Technology + Science = Already Connected”

  1. stephanie says:

    Blognya nambah info yg ternyata microarray dapat digunakan untuk deteksi microorganisme.. Tq

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih atas komentarnya Stephanie 🙂 perkembangan teknologi sangat cepat dan semakin maju, hal ini tentu membantu dalam bidang sains, termasuk microarray ini. Perlu adanya pengembangan lebih lanjut dalam penggunan microarray dalam mengidentifikasi dan mendeteksi mikroorganisme.

  2. Natalia Cinthya Deby says:

    Smoga microarray terus dikembangin di negara kita #amin

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih atas komentarnya Natalia Cinthya Deby 🙂 adanya DNA microarray ini memiliki peluang besar baik dalam identifikasi dan penerapannya dalam bidang sains, khususnya bagi negara kita.

  3. valleryathalia says:

    keren nih, ayo FTbUAJY buat yuk!

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih Valleryathalia atas komentarnya 🙂 semoga ada kesempatan untuk belajar lebih dalam lagi tentang microarray, khususnya di FTB.

  4. Krisna Dewantara says:

    Wah banyak sekali aplikasi penggunaan microarray yang sangat bermanfaat, ini memang tugas kita sebagai mahasiswa Teknobiologi yang menggunakan pemanfaatan teknologi dan ilmu biologi untuk menyelesaikan permasalahan yang ada.
    Terimakasih infonya

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih Krisna Dewantara atas komentarnya 🙂 Semoga semakin banyak aplikasi teknologi lain yang dapat digunakan dalam bidang sains dan dapat dimanfaatkan untuk kita semua.

  5. Angevia Merici says:

    Informasi menarik yang saya dapatkan. Terima kasih. semangat terus Armae !

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih Angevia Merici atas komentarnya 🙂 Semoga semakin banyak perkembangan metode lainnya yang dapat dipelajari, diterapkan dalam bidang sains dan bidang lainnya yang tentu bermanfaat.

  6. Berliani Christy says:

    DNA microarray sungguh merupakan sebuah penemuan yang sangat berguna untuk pemecahan masalah dewasa ini dan sangat menarik untuk dipelajari dan dikaji lebih lanjut. misalnya saja kita jadi bisa mengidentifikasi gen yang mengalami mutasi pada suatu spesies sehingga spesies tersebut menjadi resisten terhadap suatu perilaku. hmmm, menurut admin sendiri kira-kira hal itu bisa nggak ya diterapkan menggunakan metode microarray ini? hhhee…

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih Berliani Christy atas komentarnya 🙂 Perkembangan IPTEK yang semakin maju sangat membantu ilmu pengetahuan, semoga semakin banyak lagi metode dan perkembangan teknologi lainnya yang mendukung dalam bidang sains serta dapat dipelajari.

  7. destri says:

    Wah bagus juga teknologinya, jadi lebih memudahkan dalam diagnosa penyakit. Sehingga salah diagnosa dapat diperkecil..
    Semoga dengan mengetahui mikroorganisme yang terdapat di alam, dapat diketahui cara menanggulangi dan memperbaikinya alam tersebut.

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih destri atas komentarnya 🙂 semoga semakin banyak lagi perkembangan teknologi lainnya yang lebih bermanfaat dan membantu dalam ilmu sains, kesehatan dan bidang-bidang lainnya.

  8. ayusuraduhita says:

    Mari kembangkan 😀

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih Ayusuraduhita atas komentarnya, semoga semakin banyak teknologi yang berkembang di negera kita dan semakin banyak juga diterapkan untuk kemajuan sains dan bidang pendidikan

  9. ayusuraduhita says:

    Mari Kembangkan!

  10. garvin says:

    wah informasi nya sangat membantu dan menambah pengatahuan tentang cara deteksi mikroorganisme

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih garvin atas komentarnya, banyak teknologi yang lagi berkembang dan masih banyak teknologi lainnya yang dapat membantu dalam menidentifikasi mikroorganisme. Semoga banyak lagi teknologi yang dapat membantu dalam bidang sains dan pendidikan.

  11. Devina says:

    Wah, ternyata fungsi DNA microarray sangat banyak. Kiranya teknik ini dapat semakin berkembang untuk mengatasi kelemahannya, sehingga teknik DNA microarray ini akan lebih bermanfaat untuk mengatasi permasalahan biologi, terutama di bidang lingkungan seperti pencemaran

    • Armae Dianrevy says:

      Terimakasih Devina atas komentarnya, semoga semakin banyak lagi teknologi membantu dan mempermudah dalam bidang sains 🙂

  12. Clina says:

    In fact, they are just two elements of social advances.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php