Aldwin Teguh

Metode Identifikasi Spesies dari Cula Badak Menggunakan Gen Cytochrome b

Posted: August 29th 2015

Hai semuanya, pada kali ini saya mau membahas tentang badak.

Sebelumnya Pada tau gak, klo Badak itu merupakan satu dari sekian spesies yang paling terancam punah. Jadi Badak Bentar lagi kayak dinosaurus gitu, kita gak bisa liat lagi  :'(

Badak merupakan ordo dari perissodactyl, dan terdiri dari beberapa genus yang masih hidup saat ini yaitu Rhinoceros, Dicerorhinus, Diceros, dan Ceratotherium. Rhineceros dan Dicerorhinus  ditemukan di Asia dan Diceros dan Cerathorerium ditemukan di Afrika. Genus tersebut dapat dibagi menjadi lima spesies yaitu Badak India (Rhinoceros unicornis), Badak Jawa (Rhinoseros sondaicus), Badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis), Badak Putih (Ceratotherium simum), dan Badak Hitam (Diceros bicornis). Namun, hubungan filogenetik diantara bada-badak tersebut masih tidak jelas.

Badak-badak ini terancam punah karena adanya perburuan untuk perdagangan Cula. Cula badak dipercaya sebagai obat dan Cula ini biasa dijadikan pahatan. Penjualan cula badak merupakan masalah dunia dan berlawanan dengan regulasi CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora atau Konvensi Perdagangan Internasional Spesies Tumbuhan dan satwa liar terancam).

Cara mengidentifikasi spesies menggunakan pendekatan molekuler

Spesies-spesies badak tersebut dapat diidentifikasi dari mtDNA (mitochondrial DNA) dan dilihat pada gen cyctochrome b. Cythochrome b telah digunakan untuk memepelajari filogenetik dan untuk mengidentifikasi spesies. Cara pengidentifikasian dilakukan menggunakan alat nested PCR dan sampelnya diambil dari cula badak. Semua sampel diambil dari Council of Agriculture (COA). Sampel yang akan diidentifikasi adalah 3 cula badak hitam, 3 cula badak putih, 1 cula badak india, dan 6 cula badak yang sudah dipahhat dan tidak diketahui jenisnya, kemudian ada sampel yang berasal dari tanduk sapi holstein.

Semua sampel diambil 100 mg dan ditumbuk dengan buffer lisis atau nitrogen cair dalam lesung atau alu. Serbuk dipindahkan ke 1,5 ml tabung microcentrifuge dan DNA diekstrak menggunakan kloroform atau garam. Kemudian dimurnikan menggunakan DNA extraction kit ( Blood and Tissue Genomic Mini Kit, Viogene, USA). Volume akhir masing-masing DNA adalah sekitar 30 ml. DNA yang terisolasi dikuantifikasi menggunakan spektrofotometer UV. DNA kemudian diamplifikasi dengan Nested PCR dengan urutan (sequence) 402 bp.

Setelah itu dilakukan analisis filogenetik menggunakan sebuah aplikasi program PileUP dari GCG computer package (Wisconsin Package, Version 10.2, Genetics Computer Group (GCG), Madison, WI). Dari Analisis yang dilakukan, dihasilkanlah gambar pohon filogenetik

Pohon Filogenik antara beberapa spesies

Pohon Filogenik antara beberapa spesies

Tabel perbandingan jarak genetik badak dan sapi holstein

Tabel 1. perbandingan jarak genetik badak dan sapi holstein

Keanekaragaman urutan 402 bp semua sampel sudah dianalisis dan dapat dilihat jarak genetik antar spesies. Pada Tabel 1. Dapat dilihat jarak genentik dari tiap-tiap spesies badak. Jarak terbesar adala antara badak hitam dan dan India dengan nilai 0,1564. Dan Jarak terbesar dari analisis ini adalah antara Sapi Holstein dan cula badak yang tidak diketahui, dengan nilai 0,2295.

Dari Penelitian ini, dapat disimpulkan melalui uji gen cytochrome b, Cula badak dengan tanduk sapi holstein berbeda jauh secara molekuler. Melalui pengujian molekuler, kita bisa mengetahui spesies badak yang diambil hanya dari sebagian kecil sampel culanya. Diharapkan dengan adanya penelitian ini, perburuan badak untuk diambil culanya akan menurun dan spesies yang terancam punah kelangsungan hidupnya semakin panjang.

 

Badak India (Rhinoceros unicornis)

Badak India (Rhinoceros unicornis)

Badak Hitam (Diceros bicornis)

Badak Hitam (Diceros bicornis)

Badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis)

Badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis)

Badak Jawa (Rhinoseros sondaicus)

Badak Jawa (Rhinoseros sondaicus)

Badak Putih (Ceratotherium simum)

Badak Putih (Ceratotherium simum)

Terimakasih

Sumber:

Hsieh, H., Huang, L., Tsai, L., Kuo, Y., Meng, H., Linacre, A. & Lee, J.C. 2003, “Species identification of rhinoceros horns using the cytochrome b gene”, Forensic Science International (Online), vol. 136, no. 1, pp. 1-11.

Sumber Gambar: Wikipedia


4 responses to “Metode Identifikasi Spesies dari Cula Badak Menggunakan Gen Cytochrome b”

  1. bernadusandy says:

    informasinya menarik dan semoga semakin banyak orang yang peduli pada kelangsungan hidup satwa tersebut

  2. Ryan Febri says:

    blog yang menarik dan memberikan wawasan baru

  3. Yoseph Surya says:

    cukup baik, mungkin lebih dirangkum lagi… nilai plus ada di gambar2nya yg menarik he..he..he

  4. Angela Lakshita says:

    artikel yang menarik, aldwin. baru-baru ini saya juga menulis tentang peran gen sitokrom b dalam penentuan keragaman genetik. mungkin perlu dibahas lagi lebih jauh mengenai kepastian hasil identifikasi keenam cula badak yang sebelumnya tidak diketahui asal-usulnya.
    kunjungi juga blog saya untuk mengetahui peranan gen sitokrom b dalam identifikasi keragaman genetik populasi Chrysomya bezziana:
    http://blogs.uajy.ac.id/lakshita/2015/08/30/keragaman-genetik-populasi-lalat-myasis-chrysomya-bezziana-di-indonesia-berdasarkan-analisis-dna-mitokondria/

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2021 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php