A-YO GG !

Monthly Archives: September 2015


E-DNA ?? Kenalan Yuk !

Posted: September 2nd 2015

Identifikasi mikroorganisme yang merupakan hasil sampling baik di lingkungan perairan mauput daratan menjadi salah satu masalah penting dimana para peneliti ingin menerapkan metode yang handal dan berbasis molekuler tentunya. Salah satu aplikasi dalam bidang molekuler yang tentunya dapat memudahkan penelitian yang dilakukan. Jadi, apa yang dimaksud dengan Environment DNA (E-DNA) ? E-DNA secarah sederhana adalah DNA yang berasal dari lingkungan (Environment). E-DNA muncul akibat adanya perubahan pandangan dan pendekatan baru untuk memonitori DNA lingkungan yang pada umumnya berada pada  lingkungan perairan. Teknik E-DNA didasarkan pada kenyataan bahwa semua hewan yang hidup di air meninggalkan DNA belakang melalui feses, urin, atau kulit sel. DNA eksternal ini disebut DNA Lingkungan atau E-DNA. E-DNA juga dapat diandaikan sebagai bagian dari makhuk hidup yang terdapat di lingkungan. Sehingga dapat dimungkinkan sampel DNA yang kita ambil dari lingkungan seperti di udara, perairan, dan tanah sekalipun masih ada kemungkinan terdapat DNA dari makhluk hidup. Terminologi dari E-DNA dapat dijelaskan dengan deskripsi sebagai berikut : Pada grafik diatas memberikan gambaran yang jelas tentang terminologi yang berbeda yang digunakan dalam jadwal berdasarkan tiga parameter yang diletakan pada sumbu yang berbeda : Jenis primer yang digunakan : barkode standar yang digunakan dalam barkode konvensional. Tingkat dimana identifikasi dapat dilakukan. Beberapa primer lainnya hanya dapat mengidentifikasi genus, keluarga, atau tingkat order. Sedangkan primer lainnya dapat membuat identifikasi untuk tingkat spesies. Kompleksitas sampel. Sampel dapat berisi DNA dari spesimen tunggal.   Nah, demikian penjelasan singkat tentang E-DNA, sekarang tempat seperti apa yang dapat menjadi sumber E-DNA ? Berikut penjelasnnya : Perairan Lingkungan perairan menjadi salah satu sumber E-DNA yang berasal dari organisme yang hidup didalamnya seperti ikan, tumbuhan laut, karang, dan mikroorganisme laut lainnya. Sumber DNA dapat berasal dari feses yang dikeluarkan ikan, sisa – sisa kulit sel yang lepas, dan bagian – bagian tubuh lainnya. Sumber DNA dari perairan dapat dijadikan bahan utama untuk menunjukan keberadaan suatu spesies tanpa perlu untuk menangkap individu atau bahkan dipantau keberadaan / populasinya. Tanah Mirip seperti perairan, E-DNA juga dapat ditemukan di tanah. Sumber DNA bisa berasal dari bekas feses, bagian tubuh seperti rambut, kuku, kulit dan sebagainya. Sampel tanah yang yang diambil dapat dijadikan sebagai fokus utama dalam penyelidikan dan pengkajian suatu makhluk hidup. Jika kita bandingkan dengan lingkungan perairan, tanah merupakan sumber materi DNA atau RNA dari mikroorganisme atau makhluk hidup yang sangat berlimpah dari segi kuantitas DNA yang diperoleh. Udara Sumber DNA diudara dapat diambil dengan teknik sederhana, yaitu dengan teknik usap (swab) atau menggunakan medium pertumbuhan yang dibiarkan terbuka selama beberapa waktu di lingkungan. Selanjutnya sampel yang telah diambil lalu ditumbuhkan dalam media pertumbuhan dan diolah dengan metode E-DNA untuk mengidentifikasi mikrobia yang terdapat di udara.   E-DNA perlu tempat/lingkungan penyimpanan yang sesuai agar kualitas nya dapat terus terjaga dengan baik. Pada umumnya menggunakan prinsip preservasi misalnya pada sampel tanah yang menggunakan larutan penyangga dan disimpan dalam suhu rendah sebelum proses ekstraksi DNA.   KEUNTUNGAN DAN KELEMAHAN   Keuntungan besar dari E-DNA yang bisa kita peroleh adalah pada umumnya kesempatan untuk mendeteksi spesies lebih tinggi dibandingkan dengan teknik survei secara tradisional misalnya seperti memancing, mengguanakan jaring ikan pada lingkungan perairan. Sensitivitas yang tinggi pada E-DNA ini berlaku terutama pada spesies dengan kepadatan populasi yang rendah. Selain itu, biaya yang dibutuhkan lebih sedikit dan efisien untuk kepentingan identifikasi spesies. Sampling untuk E-DNA dapat dilakukan oleh satu orang saja dan biaya untuk pengumpulan sampel air dengan teknik modern lebih efisien dibandingkan dengan teknik tradisional. Keuntungan lain adalah sampel E-DNA menggunakan bahan yang steril serta penggunaannya sangat akurat artinya kesalahan dalam identifikasi dalam diminimalisir. Kelemahan dari E-DNA adalah jumlah E-DNA sangat tergantung terhadap strategi pengambilan sampel sehingga perlu adanya perhitungan yang akurat.   Nah, demikian penjelasan secara singkat tentang E-DNA. E-DNA sejatinya dapat menjadi salah satu teknik modern yang dapat kita gunakan untuk menunjang penelitian yang kita lakukan, apalagi yang berada di lapangan / lingkungan. Jadi, tertarik kah anda untuk , mencoba E-DNA ?? 🙂   REFERENSI   Herder, Jelger., Alice Valentini, Eva Bellemain, Tony Dejean, dan Pierre Taberlet. 2014. Environmental DNA. Stichting Ravon. Nijmegen.



© 2019 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php