rony kristianto

Identifikasi Keanekaragaman dan Kekerabatan Lalat Buah secara Molekuler

Posted: September 1st 2015

Hello guys ! balik lagi nih sama saya, kali ini saya bakal kasih informasi yang menarik lagi buat kalian. Kita akan membahas keanekaragaman dan kekerabatan Lalat Buah tapi dengan pendekatan molekuler. Apasih pendekatan molekulernya? Pendekatan molekulernya memakai teknik
RAPD dan sekuensing DNA. Pasti bingung ya apa itu? Supaya tidak bingung, monggo disimak

Bactrocera dorsalis-complex-Photocredit Viwat Wornoayporn/IAEAcarambolae
G
ambar di atas merupakan gambar lalat buah yang berbeda spesies, yang kanan merupakan Bactrocera carambolae sedangkan yang kiri adalah gambar Bactrocera dorsalis. Secara kasat mata kedua spesies ini sulit untuk dibedakan. Kesalahan atau kesulitan dalam identifikasi sangat sering terjadi, contohnya pada tahun 1981, Kalsoven berpendapat bahwa lalat buah genus Dacus merupakan endemik Indonesia, padahal Dacus merupakan lalat buah dari Afrika, kesalahan tersebut muncul karena morfologi keduanya sangat mirip (White dan Hancock, 2007). Oleh karena itu perlu dilakukan kajian lebih mendalam tentang identifikasi spesies, agar dapat mengetahui hubungan kekerabatan suatu spesies dan keanekaragamannya. Saat ini, muncul suatu teknik untuk mengetahui kekerabatan dan keanekaragaman suatu spesies, yaitu RAPD dan DNA Sequencing

Mungkin di sini masih ada yang bingung apa itu RAPD, RAPD atau Random Amplification of Polymorphic DNA adalah salah satu penanda molekuler yang digunakan untuk perbanyakan genom. RAPD sering digunakan dalam penelitian molekuler karena harganya yang relatif murah dan tidak membutuhkan sampel DNA dalam jumlah banyak. Metode RAPD menggunakan oglionukleotida tunggal pendek (primer), sepanjang 10-12 basa, untuk membentuk fragmen-fragmen DNA. Metode ini mampu menghasilkan jumlah karakter yang tidak terbatas sehingga sangat membantu dalam analisis keragaman genetik (Anggereini, 2008).

Untuk langkah awalnya, karena ukurannya yang kecil, maka sampel yang digunakan adalah keseluruhan tubuh lalat buah, lalu lalat buah diekstraksi dan diambil DNA nya dan diamplifikasi dengan teknik RAPD. Supaya tidak membingungkan, lihat hasil visualisasi DNA dari penelitian Pramudi dkk. (2013) berikut ini,

4

Gambar 1. Visualisasi DNA 14 spesies lalat buah hasil PCR-RAPD

Fragmen DNA hasil aplikasi selanjutnya disekuensing untuk melihat susunan DNA masing-masing spesies lalat buah dengan menggunakan mesin sekuensing ABI-:Prisma 3100-avant Genetic Analyzer. Pola pita DNA hasil elektroforesis dari PCR-RAPD digunakan untuk mempelajari keanekaragaman lalat buah. Pita-pita DNA diubah kedalam bentuk data biner dengan memberi nilai 1 jika ada pita dan 0 jika tidak ada pita (Bahagiawati dan Habib, 2005). Sedangkan untuk mengetahui keanekaragaman dengan DNA sequencing, sekuen DNA lalat buah kemudian alignment dengan program Bioedit dan Clustalw2 dari European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/serve/ clustalw). Kemudian hasil sekuens DNA dicocokkan dengan memanfaatkan informasi sekuen DNA yang tersedia dalam gene bank (http:/www/ncbi.nlm.nih.gov). Selanjutnya dianalisis keragaman genetik dengan program pengolah data Mega 4. Untuk sekuensing dan analisis keanekaragamannya bisa menggunakan alat dan program lainnya juga, seperti BLAST dan alat sekuens lainnya. Alat dan program yang digunakan di sini mengacu pada penelitian Pramudi dkk. (2013).

Nah, semoga tulisan ini memberikan pengetahuan baru buat kalian-kalian yang masih bingung

Tetap sehat, tetap semangat dan keep blogging !

DAFTAR PUSTAKA

Anggereini, E. 2008. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu Metode Analisis DNA dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena     Biologi. J. Biosp. 1(2):73-76.

Bahagiawati dan Rijzaani, H. 2005. Pengelompokan Biotipe Wereng Cokelat Berdasarkan Hasil PCR-RAPD. J. Hayati 12(1):1-6.

Pramudi, M.I., Puspitarini, R.D., dan Rahardjo, B.T. Keanekaragaman dan Kekerabatan Lalat Buah (Diptera: Terphritidae) di Kalimantan Selatan Berdasarkan Karakter Morfologi dan Molekuler (RAPD-PCR) dan Sekuensing DNA. Jurnal HPT Tropika. 13(2):191-201.

White, I.M. dan Hancock, D.L. 2007. Pest spesies of Dacini (Tephritidae). CAB International. International Institute of Entomology.


2 responses to “Identifikasi Keanekaragaman dan Kekerabatan Lalat Buah secara Molekuler”

  1. franstheowiranata says:

    sangat menarik jadi dengan teknik RAPD dan DNA Sequencing kita dapat mengetahui kekerabatan dan keanekaragaman suatu spesies dan ini bisa digunakan untuk spesies yang lain mari kita mencoba. terimakasih

  2. miabone says:

    Jika untuk lalat buah harus menggunakan seluruh bagian tubuh, menurut Anda, bagaimana dengan hewan lain yang bertubuh besar, seperti mamalia dan reptil? Terimakasih sebelumnya untuk informasi yang sangat mendetail dan menggugah wawasan ini 😀

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php