Rendi

RAPD

Posted: September 2nd 2015

Kemajuan ilmu pengetahuan biologi saat ini mulai merambah ke bidang molekuler. Bidang molekuler sering menjadi acuan untuk menjawab permasalahan- permasalahan biologi yang selama ini tidak bisa dijawab dengan cara analisis pengamatan biasa. Salah satu metode analisis DNA adalah Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Metoda RAPD merupakan metoda baru untuk mengidentifikasi sejumlah besar polimorfisme DNA pada genom dengan cepat dan efisien. Tipe polimorfisme ini membuat RAPD cocok untuk studi keanekaragaman genetik, hubungan kekerabatan, peta genetik, sidik jari DNA.Sidik jari DNA banyak digunakan untuk kasus
paternity dan forensic (Anggereini, 2008)Kunci RAPD bahwa primer yang digunakan dengan urutan acak, primer tidak spesifik untuk gen tertentu atau dengan urutan tertentu dan mengikat DNA komplemennya dari bermacam-macam specimen DNA. Primer yang digunakan tunggal dan menganealing tempat pelekatan primer (priming site) dengan arah yang berlawanan untuk terjadinya amplifikasi. Metoda RAPD PCR merupakan suatu pendekatan untuk menganalisis polimorfisme DNA dan menganalisis variasi genom dari populasi spesies serangga ataupun spesies-spesies organisme lain (Anggereini, 2008).

cgs

Banyak aplikasi analisis RAPD sangat membantu memecahkan masalah taksonomi dan biologi populasi organisme. RAPD digunakan untuk :
1. Pendeteksian polimorfisme pada parasitoid
2. Pola pewarisan dengan marker RAPD
3. Pemeriksaan asal populasi
4. Pemetaan genom local dan global suatu spesies
5. Asal geografi seranggga hama
6. Diagnosis spesies yang saling berhubungan
7. Menentukan berapa banyak spesies yang dikumpulkan di suatu daerah
8. Membantu mengenal karakter morfologi untuk membedakan bermacam-macam spesies.
9. Membantu menetapkan suatu spesies
10. Mengiidentifikasi keanekaragaman genetik suatu organisme
11. Konstruksi peta genetic suatu organisme
Dengan menggunakan metoda PCR (Polymerase Chain Reaction) dan RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dapat diidentifikasi polimorfisme DNA yang nantinya digunakan sebagai penanda genetik untuk mengenal ciri khas populasi lalat buah Mediteranian, Ceratitis capitata. ( Haymer , 1993). Hal ini juga sangat efektif pada serangga hama yang jarak migrasinya sangat jauh seperti pada belalang (Locusta migratoria). Jadi dapat diketahui variasi genetik
setiap populasi, antara populasi yang berhubungan dari hama tersebut. Dengan adanya penanda genetic tersebut dpat diketahui sumber asal populasi. Resistensi atau tidaknya serangga Lepidoptera terhadap Bacillus thuringiensis dapat diketahui dengan menggunakan penanda genetik RAPD ini. ( Heckel , 1995).
Prinsip kerja marka RAPD adalah berdasarkan perbedaan amplifikasi PCR pada sampel DNA dari sekuen oligonukleotida pendek yang secara genetik merupakan marka dominan (Williams dkk. 1990; Welsh dan McClelland 1990). Primer RAPD bersifat random dengan ukuran panjang basanya 10 nukleotida. Jumlah produk amplifikasi PCR berhubungan langsung dengan jumlah dan orientasi sekuen yang komplementer terhadap primer di dalam genom tanaman (Azrai 2005). Macam primer yang digunakan pada teknik RAPD berkaitan dengan suhu penempelan primer dalam reaksi amplifikasi. Primer yang biasanya digunakan mengandung basa G+C antara 60%-70%, karena semakin banyak kandungan basa Guanin dan Cytosin, maka ikatan antara primer dengan DNA cetakan semakin kuat dan stabil. Basa Guanin dan Cytosin mempunyai tiga ikatan hidrogen, lebih banyak daripada basa Timin dan Adenin yang hanya mempunyai dua ikatan hidrogen.
Analisis variabilitas genetik melalui teknik RAPD menggunakan primer acak telah banyak digunakan karena memiliki keunggulan-keunggulan diantaranya adalah (1) kuantitas DNA yang dibutuhkan sedikit, (2) hemat biaya, (3) mudah dipelajari, dan (4) primer yang diperlukan sudah banyak dikomersialisasikan sehingga mudah diperoleh. Kelemahan teknik ini antara lain (1) tingkat reproduksibilitas pola marka dari laboratorium ke laboratorium berbeda dan antara hasil percobaan dalam laboratorium itu sendiri yang sama, (2) sangat sensintif terhadap variasi dalam konsentrasi DNA, dan (3) memerlukan konsentrasi primer dan kondisi siklus suhu yang optimal pada saat pengujian. Selain itu, marka RAPD dominan dan tidak menampilkan perbedaan sekuen DNA yang homolog, diantara fragmen-fragmen yang ukurannya hampir sama. Kelemahan ini dapat diatasi dengan membuat reaksi dan kondisinya sehomogen mungkin, skrining primer, memilah pita-pita fragmen DNA yang jelas, menggunakan suhu annealing yang optimal, dan penambahan 1-2 basa pada primer untuk mempertinggi spesifikasi penempelan DNA (Riedy dkk 1992).

Daftar Pustaka
Anggereini, Evita. 2008. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu Metode Analisis DNA Dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi. Journal Biospecies, 1(2): 73-76
Azrai, M. 2005. Pemanfaatan Marka Molekuler Dalam Proses Seleksi Pemuliaan Tanaman. J AgroBiogen. 1(1):26-37
Haymer, David. 1993, Resolution of Population of the Mediterananean Fruit Fly at the DNA Level Using Random Primers for Polymerase Chain Reaction. Journal Genom, 37 (1):994
Heckel, D. T. 1995. Randomly Amplified Polymorphic DNA Differences Between Strains of
Diamondback Moth (Lepidoptera: Plutellidae) Susceptible or Resistant to Bacillus thuringiensis. Journal Annal of the Entomological Society of America. 88 (4): 20 – 34
Riedy, M. F., Hamilton, W. J., Aquadro, C. F. 1992. Excess of Non Parental Bands in Offspring From Know Pedigrees Assayed Using RAPD PCR. Nucl Acids Res. 20:918.
Welsh, J., McClelland, M. 1990. Fingerprinting Genomes Using PCR with Arbitrary Primers. Nucl Acids Res. 18:7213-7218.
Williams, J. G. K., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. A., Tingey, S. V. 1990. DNA Polymorphisms Amplified by Arbitrary Primers Useful as Genetic Markers. Nucl Acids Res. 18:531-6535.


Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php