'Logi Blog

Mikrosatelit demi kamu, Gajah…

Posted: September 1st 2015

Gajah, khususnya Gajah Sumatra (Elephas maximus sumatranus) kini berada dalam status terancam punah (Critically Endangered) dan masuk dalam satwa dilindungi menurut Undang-undang  No 5 Tahun 1990. Estimasi populasi tahun 2007 adalah antara 2400-2800 individu, namun kini diperkirakan jumlah individu merosot karena pembunuhan yang terus terjadi. Salah satu dari 9 kantong populasi Gajah Sumatera  adalah di kawasan Taman Nasional Tesso Nilo (TNTN), Riau.

Gajah Sumatera

Gajah Sumatera

 

Sumber: alamendah.org

Lalu apa yang bisa kita lakukan??? Bagimu, Biologis yang peduli akan ekologi, konservasi dan keseimbangan alam, yuk baca.

Informasi tentang jumlah individu dan kondisi genetic populasi adalah hal yang perlu diketahui sebelum memulai konservasi. Ada salah satu pendekatan untuk mengetahui kondisi genetic populasi  dan sudah banyak dipergunakan untuk analisis studi populasi genetik dan aliran gen dalam populasi hewan yaitu marka molekuler. Penggunaan marka molekuler telah menjadi tren sejak ditemukannya berbagai metode pendekatan berbasis DNA sebagai penyandi kehidupan. Mikrosatelit dapat dipergunakan untuk analisis tersebut. Mikrosatelit atau juga dikenal Short Tandem Repeats (STRs) atau Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) merupakan untaian basa nukleotida 1-6 pasang basa yang berulang dan tersebar di dalam genom, baik genom inti (SSRs) maupun genom organel.  Sebagai misal, motif GAG atau AT akan berulang-ulang 10 sampai 20 kali tanpa interupsi (misalnya GAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG atau ATATATATATATATATATAT).

Data genetic dari penelitian menggunakan mikrosatelit dapat mengetahui jumlah individu, variasi genetic, dan mekanisme evolusi dalam populasi tersebut. Sumber identifikasi DNA Gajah ini menggunakan sampel feses. Siapa yang tahu kalau feses bisa dimanfaatkan sumber identifikasi DNA? DNA terekstraksi ke rambut, feses, urin, kulit ular dan lain-lain, sehingga dapat menjadi sumber identifikasi DNA pada Gajah Sumatera yang pemalu ini.

Adapun mekanisme kerja dari marka molekuler mikrosatelit ini adalah sebagai berikut:

  1. Melakukan ekstraksi DNA
  2. Melakukan pemotongan DNA genom dan ligase adaptor.
  3. Melakukan hibridisasi filter
  4. Meligasi ke vector dan transformasi
  5. Melakukan skrining biru-putih dan koloni berfragmen mikrosatelit.
  6. Mengisolasi plasmid dan proses sequen
  7. Mengkarakterisasi primer
  8. Menganalisis lokus mikrosatelit

Penelitian menggunakan 108 sampel  feses yang diperoleh pada survey bulan Juni sampai November 2012. 108 sampel tersebut berhasil dianalisis menggunakan 13 penanda mikrosatelit dan menunjukan terdapat 73 individu Gajah Sumatera. Sampel-sampel tersebut sebagian besar berada di luar kawasan Ttaman Nasional Tesso Nilo bagian selatan. Hal ini mengindikasikan bahwa populasi gajah sumatera di Taman Nasional Tesso Nilo cenderung memilih daerah yang lebih terbuka berupa kawasan Hutan Tanaman Industri akasia setelah terjadi perubahan tutupan lahan. Sementara itu, nilai heterozigositas yang teramati dari 13 lokus mikrosatelit mencapai 0.507 dengan nilai heterozigositas harapan 0.490 yang menunjukkan tidak adanya tekanan seleksi pada populasi gajah sumatera di Taman Nasional Tesso Nilo, Riau.

Keanekaragaman hewani yang dimiliki Indonesia kian menurun. Dari penelitian  ini, diharapkan menjadi pendorong perkembangan molekuler dalam bidang ekologi dan konservasi.

 

DAFTAR PUSTAKA

Gardipee, F. M. 2003. Development of fecal DNA sampling methods to assess genetic population structure of greater Yellowstone bison. Theses-Wildlife biology The University of Montana.

Matra, D., Nurmansyah. 2015. Aplikasi Marka Molekuler Mikrosatelit Bagi Perlindungan dan Manajemen Keanekaragaman Hayati di Indonesia.  ITB. Bogor

Syahri, B., Haris Gunawan, Herawati S. 2015. Analisis Mikrosatelit Pada Sampel Feses Gajah Sumatera (Elephas maximus sumatranus) Di Taman Nasional Tesso Nilo, Riau. JOM FMIPA. 2(1):42-49.


7 responses to “Mikrosatelit demi kamu, Gajah…”

  1. Yani Evami says:

    Informasi yang sangat bagus, semoga dengan mikrosatelit ini dapat mendukung konservasi yang ada. Smgt! 🙂

  2. alphonsusyospy says:

    informasi yang menarik… mulai dari feses yang bisa diambil untuk sumber identifikasi DNA dan teknik marker dengan mikrosatelit menjadi lebih bermanfaat dan dapat di gunakan untuk kemudahan konservasi..

  3. Ganang says:

    Itu microsatellite bisa buat selain mamalia nggak?

    • Ranti says:

      setau saya bisa. Karena dilihat dari sampelnya pun penggunaan mikrosatelit bisa menggunakan bagian yang sudah tidak hidup lagi (bukan sel). Bagian2 lain dari makhluk hidup yang mengandung DNA bisa digunakan, misal sisik dari pisces.

  4. ayutiya95 says:

    Tulisan yang menarik, menambah wawasan. Mikrosatelit memang terkenal sebagai marker yang paling efektif untuk konservasi. Apakah pada era sekarang ini sudah ada marker lain yang ditemukan dan dinilai lebih efektif dibanding mikrosatelit ??? terimakasih 🙂

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php