Vincentius Y.Winata

EMBnet; Bioinformatika Tanpa Batas

Posted: September 15th 2013

download (1)

BIOINFORMATIKA TANPA BATAS

LEMBAGA PENGELOLANYA DAN AFFILIASINYA

EMBnet merupakan sebuah situs database molekuler yang secara global menyediakan informasi bagi penggunanya diseluruh penjuru dunia yang dapat diakses secara gratis. Sebelum membahas lebih mendalam tentang apa saja yang ada didalam website ini, terlebih dahulu kita akan membahas lembaga yang ada dibalik kesuksesan website ini. Awalnya EMBnet dibentuk atas kebutuhan penyediaan dan penyimpanan database yang lebih banyak dan cepat pada tahun 1988 oleh European Molecular Biology Laboratory(EMBL) dibentuklah EMBnet

EMBnet sendiri diatur dengan lima anggota dewan eksklusif. Dewan eksklusif dimana diketuai oleh Teresa Atwood dari inggris. EMBnet juga telah beberapa kali aktif berpartisipasi dalam konsorium-konsorium eropa, seperti SeqAhead, AllBio dan EMBER. EMBnet juga berkolabrasi dengan beberapa Jaringan sosial internasional, termasuk ISCB, ISB, BTN, dan Itico, dan telah menjadi ujung tombak pelatihan bioinformatik-GOBLET.

Capture

Gambar 1. Beberapa situs atau jaringan internasional yang bekerjasama dengan EMBnet dalam penyediaan database molekuler.

RESOURCES /SUMBER DAYANYA

EMBnet juga menyediakan beberapa resources atau sumber daya, diantaranya adalah dalam bentuk database seperti

  1. Database of plant transcription, Sebuah database faktor transkripsi yang mengandung 53319 putuatif TFs diperkirakan dari 49 spesies .
  2. Rice Map, seperti google map untuk pencarian genom dengan penjelasan yang kompherensif untuk dua subspecies dari genom padi.
  3. CADRE, pusat sumber data Aspergillus
  4. PRINTS, merupakan database protein/ DNA sebuah keluarga
  5. PairsDB, sebuah database yang sejajar dengan BLAST dan PSI-BLAST RegulonDB, refrensi utama database dari Esherrichia coli K-12
  6. MitoRes, merupakan sumber yang terpercaya untuk ekstraksi besar-besaran sekuens dan sub-sekuens dari gen nuklir yang terkode pada mitokondria dalam metazoan
  7. UTRdDB, sebuah database dari sekuens mRNAs eukariotik yang belum diterjemahkan 5’ dan 3’, berasal dari beberapa sumber data primer.

Kemudian sumber daya berikutnya dalam bentuk buku yang pertama berjudul DNA Microarray Data Analysis oleh Jarno Tuimala dan M. Minna Lain sedangkan yang kedua berjudul Molekuler systematic oleh Jarno Tuimala. Embnet juga menyediakan resources dalam bentuk software yang biasanya digunakan yaitu :

  1. Utopia Documents, merupakan PDF reader yang terintergrasi dengan Utopia.
  2. Utopia,  seperangkat alat analisis sekuens protein. PRINTS-Blast, untuk mencari sekuens DNA.
  3. FingerPrintScan, alat untuk mencari cetakan DNA dari sidik jari.
  4. Gene structure display server, sebuah web untuk menggambar diagram struktur gen secara skematik.
  5. Chipster, perangkat lunak yang mudah digunakan, mengandung lebih dari 200 alat analisis untuk NGS, microarray dan data proteomik.
  6. wEMBOSS, sebuah web interface ke EMBOSS untuk analisis sekuen biologis.
  7. EMBOSS, merupakan perangkat lunak sumber informasi terbuka untuk kebutuhan biologi molekuler komunitas pengguna.

Masih banyak lagi software yang disediakan oleh EMBnet. Selain software, EMBnet juga menerbitkan jurnalnya yang dapat diakses pada EMBnet.journal. Situs yang dapat diakses secara bebas ini berisi review jurnal-jurnal yang berskala internasional. Tujuan utamanya untuk mendukung ilmuwan biomedical dengan berbagai informasi. EMBnet.journal juga menerbitkan majalah sejak 1994 yang dapat diakses pada EMBnet.news.

JASA PENDIDIKAN DAN PELATIHAN

EMBnet juga memberikan berbagai jasa pelatihan dan edukasi, contohnya di Asia sendiri terdapat The Center of Bioinformatics(CBI) di Universitas Peeking yang merupakan kerjasama antara EMBnet dengan APBionet(Asia Pasific Bioinformatics. CBI menyediakan jasa penyediaan database, software, pelatihan dan pendidikan bagi ahli biologi di China.

download

Gambar 2. Logo The Center of Bioinformatics

          EMBnet bekerjasama dengan ISCB membentuk kolaborasi dalam pemberian pelatihan maupun pendidikan bioinformatik. Pada juni 2012, EMBnet menambah aliansi internasional dengan APBionet, ASBCB, solBio, NBIC, BTN, EBI dan SeqAhead membentuk GOBLET yang sekarang menjadi organisasi resmi dengan 22 anggota yang telah terdaftar.

EMBnet juga telah mengembangkan system e-learning pertama untuk pengajaran bioinformatik secara praktis, juga telah mempromosikan perkembangan dari pelayanan komputerisasi untuk membagi hasil kerja melalui server internasional seperti Hassel, SRSfed, MRSfed, fedBLAST, SIMDAT. EMBnet juga menjadi yang pertama kali mengembangkan solusi lanjut untuk pendistribusian database secara otomatis menggunakan internet.

Penyusun :

Vincentius Yafet Winata

Agnes Dian Kurniawati

Saut Rotana Barcio.


9 responses to “EMBnet; Bioinformatika Tanpa Batas”

  1. alfonslie says:

    Informasi yang sangat menarik. Keep Blogging 🙂

  2. gittadiana says:

    Postingannya sistematis dan enak untuk dibaca.
    Makasiih yaa, uda bagi-bagi info tentang EMBnet~ hihi 😉

  3. gnosis says:

    Sudah bagus ini,cuma sepertinya kurng menambahkan tentang jasa EMBnet. 🙂

  4. lidia says:

    selain bekerja sama dengan ISCB, EMBnet juga berbagi informasi mengenai database molekuler dengan DDBJ dan NCBI

    nice posting 🙂

  5. Vincentius Yafet Winata says:

    terimaskasihb semuanya, semoga dengan komen-komen anda dapat mendorong conif semakin kedepan
    🙂

  6. Agnes Dian Kurniawati says:

    Vincent, seharusnya bentuk hubungan kerjasama dengan ISCB, ISB, BTN, dan Itico juga di cantumkan ..
    misalnya Hubungan kerjasama dengan ISBC : mengenai sharing database genom.
    Tidak usah terperinci, tapi setidaknya bisa memberikan informasi mengenai bentuk hubungan kerjasamanya hehehe ^_^

  7. juventini46 says:

    isinya sudah lengkap…. Desainnya juga menarik…..
    LANJUTKAN!!!!

  8. deansadewo24 says:

    bagus bagus bagus…

    lanjutkan memberikan informasi yang menarik tentang teknobiologi. mungkin lebih tambah lagi informasi dari EMBnet ini..karena resources nya agak kurang..

  9. deansadewo24 says:

    bagus cent. .. terimakasih infonya.. mungkin lebih di banyakin atau dilengkapin lagi soal EMBnet ini… good job..^^

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php