Jerry_BLOG

Bagaimana bisa membedakan subspesies Lutung jawa Trachypithecus auratus mauritius dan Trachypithecus auratus auratus ???

Posted: September 11th 2014

Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki ragam jenis primata terkaya di dunia.Salah satu jenis satwa endemik yang hidup di Indonesia adalah Lutung Jawa (Trachypithecus auratus).

Lutung Jawa dibedakan menjadi 2 subspesies yaitu Trachypithecus auratus mauritius dan Trachypithecus auratus auratus. Bagaimana

cara mengidentifikasi kedua subspesies tersebut ???

lutung3

Gambar 1. Trachypithecus auratus mauritius

 

lutung2

 

gambar 2. Trachypithecus auratus auratus

 

Identifikasi subspesies pada Lutung jawa dapat diketahui berdasarkan sekuen gen D-loop. Identifikasi pada level genetis menggunakan gen D-loop, karena merupakan gen pada DNA mitokondria, memiliki laju mutasi 4-5 kali lebih cepat dibandingkan sekuen gen pada DNA mitokondria lainnya, panjang gen D-loop sekitar 1 kb, dan merupakan daerah non-coding.

 

Tahapan identifikasi Lutung jawa menggunakan gen D-loop, yaitu :

  1. Menggunakan sampel darah pada kedua subspesies Lutung jawa
  2. Sampel darah dalam venojack tersebut disimpan pada suhu -20°C sebelum digunakan. Prosedur isolasi whole blood yang dilakukan mengikuti prosedur kerja dari Roche Isolation DNA Mini Kit dengam sedikit modifikasi. Hasil isolasi disimpan pada suhu -20˚C. Pengecekan konsentrasi DNA dilakukan dengan menggunakan NanoDrop ND-2000 Spectrophotometer.
  3. Polymerase Chain Reaction bertujuan untuk mengamplifikasi atau memperbanyak gen target dengan menggunakan gen D-loop yaitu primer D-loopRs forward 5’- GTA CTT AAC TCC ACC ACC AA -3’ dan  primer D-loopRs reverse 5’- GTT GAG TTG GGT ATG CT GA-3’dengan siklus yang telah ditentukan.
  4. PCR yang dilakukan menggunakan 30 siklus. Pengecekan hasil PCR dengan elektroforesis pada gel agarose 1,5% dan divisualisasi dengan menggunakan UV Transilluminator. Hasil amplifikasi gen D-loop disekuensing dengan menggunakan mesin sekuensing DNA untuk mengetahui urutan basanya.
  5. Menganalisis sekuen yang diperoleh dengan menggunakan software BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), Clustal X, dan Mega 5.
  6. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode Maximum Likehood (ML), analisis pairwise distance menggunakan model Kimura-2 parameter

 

Dengan tahapan – tahapan berikut dapat diketahui berdasarkan sekuen gen D-loop sampel diduga apakah berbeda subspesies atau merupakan subspesies yang sama.

Keuntungan dari hasil identifikasi menggunakan gen D-loop tersebut dapat mendukung data morfologi dan penelitian yang menunjukkan apakah kedua sampel tersebut dari subspesies Lutung jawa yang berbeda.

 


3 responses to “Bagaimana bisa membedakan subspesies Lutung jawa Trachypithecus auratus mauritius dan Trachypithecus auratus auratus ???”

  1. aokadi says:

    serupa tapi tak sama. kayaknya sama tp ternyata beda, baru tau kalau ada spesies mirip hehe bahaya ini kalau sampai salah identifikasi

  2. rivanakhaliska says:

    Nice info! Trnyata ada metode yg mudah untuk identifikasi lutung jawa dan akan lbh baik jika metode ini diterapkan lebih lanjut. Keep blogging 😀

  3. Yudhistira says:

    Menarik sekali.Morfologi yang sulit dibedakan jadi jelas terlihat dengan teknik molekuler..

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php