Bernadus Andy

Hubungan Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Mangrove di Pulau Penjarangan, Ujung Kulon, Provinsi Banten

Posted: August 30th 2015

Mangrove adalah kelompok jenis tumbuhan yang tumbuh di sepanjang pantai tropis dan sub tropis. Dalam hubungannya dengan komoditas perikanan pesisir, mangrove berfungsi sebagai nursery, spawning, dan feeding ground. Ekosistem mangrove memiliki peran ekologis yang sangat penting. Akan tetapi tingkat kerusakan ekosistem mangrove dunia, termasuk Indonesia, sangat mengkhawatirkan. Sebagai contoh, luas hutan mangrove di Pulau Jawa yang pada umumnya dalam kondisi rusak.

Pulau Penjarangan merupakan daerah kawasan konservasi yang dilindungi oleh instansi Taman Nasional Ujung Kulon. Kawasan ini memiliki berbagai jenis flora dan fauna yang beragam, diantaranya yaitu berbagai jenis mangrove (bakau). Tingkat keanekaragaman genetik dari organisme dapat dilakukan dengan analisis DNA. dengan mengetahui dan membandingkan tingkat polimorfisme DNA maka akan dapat diketahui bagaimana keanekaragaman genetiknya. Polimorfisme DNA merupakan materi yang sangat akurat dalam menganalisis genetic beberapa tipe organisme yang berbeda.

Deteksi keanekaragaman genetik secara molekular antara lain menggunakan teknik PCR. Teknik ini dapat menggunakan beberapa metode, antara lain RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) dan Mikrosatelit. Metode RAPD-PCR merupakan metode untuk mengidentifikasi polimorfisme DNA dengan mudah, cepat dan efisien. Dengan RAPD dapat dihasilkan polimorfisme yang sangat tinggi dari DNA yang teramplifikasi lewat teknik PCR.

Sebanyak 20 sampel mangrove dikoleksi dari Pulau Panjaringan, kawasan Ujung Kulon. kemudian dilakukan isolasi DNA genom dengan metode CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide). Isolasi DNA diawali dengan penggerusan daun dengan N2 cair, dilanjutkan dengan proses elektroforesis dilakukan pada beda potensial 75 volt selama 90 menit dengan konsentrasi gel agarose 1,4%. Hasil elektroforesis dilihat dibawah sinar UV dengan panjang gelombang 312 nm. Hasil elektroforesis kemudian divisualisasikan di sinar UV seperti pada Gambar 1. Hasil elektroforesis DNA Genom ini memperlihatkan pita yang bervariasi, dari yang cukup tebal sampai tidak terlihat.

12 1

Gambar 1. Visualisasi hasil isolasi DNA genom

Setelah proses isolasi DNA selesai dilanjutkan dengan mengukur kemurnian dan konsentrasi DNA dengan spektrofotometer. Tahapan selanjutnya adalah amplifikasi DNA atau Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang berkomplemen dengan nukleotida target tersebut melalui bantuan enzim dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu termocyler. DNA template yang digunakan adalah konsentrasi 5 ng/μl. Hasil amplifikasi pada tahap penelitian ini tersaji pada gambar 2.

21 2

Gambar 2. Hasil amplifikasi DNA dengan variasi primer OPA

Gambar 2 menunjukan pola larik hasil amplifikasi DNA. Pola larik tersebut diterjemahkan ke dalam data numerik untuk dianalisis lebih lanjut. Larik yang hadir diterjemahkan ke dalam angka satu (1) dan larik yang tidak hadir diterjemahkan ke angka nol (0). Data numerik yang dihasilkan dihitung koefisien kesamaannya menggunakan koefisien kesamaan “simple matching”. Koefisien kesamaan (Cij) memiliki nilai 0,00 ≤ Cij ≤ 1,00 dengan pengertian bahwa nilai kesamaan mendekati angka 1,00 menunjukkan kedua objek yang dibandingkan identik atau sama sedangkan nilai kesamaan yang mendekati 0,00 menunjukkan kedua objek tidak identik atau tidak sama. Koefisien kesamaan simple matching memperhitungkan kehadiran dan ketidakhadiran larik pada dua objek yang dibandingkan..
Berdasarkan hasil perhitungan koefisien kesamaan simple matching tersebut dibangun fenogram dengan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages) menggunakan program NTSYS-pc. Hasil fenogram tersebut ditunjukkan pada Gambar 3 berikut ini.

3

Gambar 3. Fenogram kesamaan genetic hasil analisis UPGMA berdasarkan gabungan primer OPA-02 dan OPA-11

Berdasarkan fenogram hasil analisis UPGMA yang ditunjukan pada Gambar 3 dengan menggunakan gabungan primer OPA-02 dan OPA 11, dari 20 isolat DNA genom yang berhasil diamplifikasi hanya 4, yaitu sampel 6, 7, 10, dan 12. Sampel 6 dan 12 termasuk ke dalam genus Rhizopora dari famili Rhizophoraceae, sampel 7 merupakan genus Xylocarpus dari famili Meliaceae, dan sampel 10 termasuk ke dalam genus Avicenia famili Verbenaceae.

Sumber :
Sahoo, P., S. Jena, S. Mohanty & A. Bandhu Das. 2007. Molecular phylogenetic relationships among four species of the mangrove tree genus Bruguiera (Rhizophoraceae), as revealed by chromosome and RAPD markersRev.Biol. Trop. (Int. J. Trop. Biol. ISSN-0034-7744) Vol. 55 (2): 437-448.


Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php