byumiko

Mikrosatelit, Si Penanda Genetik

Posted: September 1st 2015

Hai para omnivora dan sebagian herbivora!!! Semoga artikel berikut cukup ringan untuk dicamil dan mengenyangkan kelaparan akan rasa ingin tahu kalian. Selamat membaca!

Semakin pesatnya perkembangan zaman tentu saja akan berdampak pada perubahan keadaan lingkungan tempat hidup kita. Dampak tersebut tidak hanya dirasakan oleh manusia tetapi juga oleh tumbuhan, hewan, dan mikroorganisme. Satu kata delapan huruf: Adaptasi. Benar saja dengan adanya perubahan lingkungan memaksa makhluk hidup harus dapat beradaptasi untuk mempertahankan kehidupannya. Tak jarang hasil dari proses adaptasi tersebut  akan bermunculan semakin banyak spesies baru. Nah, jika spesies-spesies tersebut hanya diamati secara kasat mata melalui penampilan luarnya saja atau secara biologi disebut  morfologis terkadang kita  akan sulit untuk menemukan perbedaan antara tetuanya dengan spesies variasinya.

Namun, seiring dengan perkembangan zaman sudah ditemukan teknologi yang dapat memecahkan masalah tersebut. Di mana hal tersebut dapat kita kaji secara molekuler. Salah satu pendekatan yang dapat digunakan adalah marka molekuler  atau mikrosatelit. Nah, apa itu mikrosatelit? Marka molekuler dapat diartikan pula sebagai upaya untuk membedakan karakteristik mahluk hidup pada tingkat gen. Mikrosatelit merupakan pengulangan basa pendek (1 – 6 nukleotida) yang memiliki keragaman tinggi yang ditemukan pada genom nukleus dari hampir semua takson. Mikrosatelit dikenal juga sebagai simple sequence repeats (SSR) yang dapat membantu memahami kebiasaan mutasi, fungsi, evolusi serta distribusi dalam suatu genom spesies pada populasi.

Penggunaan marka molekuler digunakan untuk memonitor variasi susunan DNA di dalam dan pada sejumlah spesies serta merekayasa sumber baru variasi genetik dengan mengintroduksi karakter-karakter yang baik. Banyak penanda molekuler yang dapat digunakan untuk mempelajari ekologi molekuler, akan tetapi mikrosatelit lebih banyak digunakan dalam kajian ekologi molekuler oleh peneliti karena mikrosatelit dapat memberikan banyak informasi dibandingkan dengan penanda molekuler lainnya (RFLP, RAPD, dan AFLP). SSR merupakan marka genetik yang bermanfaat karena bersifat kodominan sehingga tingkat heterozigositasnya tinggi yang artinya memiliki daya pembeda antar individu sangat tinggi, dapat diketahui lokasinya pada DNA sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada tingkat  yang tinggi, mudah dan ekonomis dalam pengaplikasiannya karena menggunakan proses PCR. Selain itu, SSR dapat diaplikasikan tanpa merusak bahan tanaman karena hanya sedikit yang digunakan dalam ekstraksi DNA atau dapat menggunakan bagian lain seperti biji atau polen.

Tahapan yang dilakukan untuk mengidentifikasi gen suatu spesies dengan mikrosatelit dapat dimulai dengan mengisolasi DNA biasanya berasal dari daun-daun muda atau sel-sel embrio. DNA genom diamplifikasi dengan primer mikrosatelit menggunakan mesin PCR. Amplifikasi bertujuan untuk menggandakan DNA yang akan dipakai untuk masing-masing primer yang digunakan. Template hasil PCR di uji lagi dengan elektroforesis menggunakan gel yang sesuai. Data yang diperoleh kemudian dihubungkan dengan bank data genetika untuk kemudian digunakan untuk menganalisis keanekaragaman genetika, diferensiasi genetika dan hubungan kekerabatan.  Melalui marka molekuler maka kepemilikan varietas akan diperkuat dengan identitas tumbuhan atau hewannya secara spesifik dalam bentuk gambar atau karakter gen.

yyy (2)

Gambar 1. Profil beberapa pita lokus tanaman jati (sumber : Millah dkk., 2010)

Fungsi lain mikrosatelit selain mengidentifikasi keragaman genetik dan hubungan kekerabatan adalah memperoleh varietas-varietas unggul melalui program pemuliaan tanaman.  Dengan diketahui ragam genetik plasma nutfah suatu jenis tanaman dapat mengoptimalkan upaya perakitan genotipe unggul sebagai dasar untuk dikembangkan menjadi varietas baru yang berdaya hasil dan berkualitas tinggi, resisten terhadap kendala biotik dan abiotik.

Ada video tambahan untuk menambahan pemahaman akan si mikrosatelit. Selamat menonton

Referensi:

Millah, M., Habibah, N. A. dan Suwarni, E. 2010. Analisis keanekaragaman genetik dan diferensiasi jati Jawa dan Madura berdasarkan marka mikrosatelit untuk mendukung Fingerprinting jati. Biosaintifika 2(2): 101-109.

Santoso, T. J., Utami, D. W. dan Septiningsih, E. M. 2006. Analisis sidik jari DNA plasma nutfah kedelai menggunakan markah SSR. Jurnal AgroBiogen 2(1):1-7.


One response to “Mikrosatelit, Si Penanda Genetik”

  1. Neil says:

    permisi tante, numpang tanya, jadi mikrosatelit ini dapat digunakan untuk membantu menciptakan spesies dengan variasi genetik yang baru seperti misalnya GMO gitu ya tante?

    Berarti dengan mikrosatelit ini bisa untuk mengetahui gen unggul yang dimiliki suatu organisme gitu ya?

    Terima kasih tante..

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php