suraduhitayu

Kajian Molekuler Daerah D-Loop Parsial DNA Mitokondria Kuda Asli Tengger

Posted: August 29th 2015

Menunggang kuda bisa jadi merupakan hal yang menyenangkan terlebih ditempat-tempat wisata yang menarik misalnya saja kawasan Bromo Tengger, tetapi pernahkah terbesit di pikiran kalian apakah kuda-kuda yang kalian tunggangi memiliki variasi gen yang sama berbeda atau bahkan tidak terlalu berbeda????? Yuk bahas aja..

Populasi jenis kuda secara nasional pada tahun 1989 sebesar 683.000 ekor, dan diperkirakan kuda asli Jawa kurang lebih tinggal 54.640 ekor atau tinggal 0,8% (Direktorat Pembibitan, 2004). Fenomena di atas menggambarkan bahwa kuda asli pulau Jawa memiliki resiko kepunahan yang sangat tinggi sehingga pengelolaannya perlu dilakukan secara hati-hati.

 

Dalam upaya konservasi, identifikasi Equus caballus yang akan dilestarikan sangatlah penting untuk dilakukan. Identifikasi terhadap spesies Equus caballus di Indonesia selama ini hanya sebatas pada karakter morfologinya saja sedangkan kajian dari aspek genetika molekuler masih terbatas, oleh karena itu dilakukanlah penelitian untuk mengetahui potensi serta variasi genetik dalam mengatasi masalah identifikasi Equus caballus di Indonesia berdasar sekuen D-loop parsial (bagian yang tidak menyandi protein) mitokondria dan diharapkan dapat sebagai penanda genetik kuda Tengger terhadap kuda asli Indonesia lainnya sehingga usaha konservasi kuda asli Indonesia dapat berhasil. Daerah D-loop ini menarik untuk ditelaah karena memiliki mutasi yang tinggi sehingga runutan basa-basa nukleotidanya terjadi tidak saja pada tingkat inter spesies tetapi juga pada tingkat intra spesies.

 

Untuk dapat mendeteksi keragaman gen Equus caballus dilakukan pengambilan darah pada 5 ekor kuda Tengger yang berasal dari daerah Tengger, JawaTimur lalu diekstraksi, di amplifikasi lalu dielektroforesis kemudian dilakukan sequencing DNA lalu dilakukan Penjajaran berganda sekuen nukleotida D-loop parsial yang kemudian dianalisis dengan bantuan perangkat lunak program Clustal W (Thompsonet al., 1994). Analisis hasil berdasar sekuen nuleotida D-loop parsial menggunakanperangkat lunak MEGA versi 4.1.

Amplifikasi daerah D-loop mt-DNA menggunakan primer F dan R (Xu dan Arnason,1994) dengan teknik PCR menghasilkan fragmen DNA sebesar 510 pb.

Untitled 2 yeah

Untitled

Urutan basa hasil sequencing

Untitled

1

Pada Tabel 2. Menyatakan bahwa jumlah nukleotida yang hanya berbeda 9 nt antara kuda tengger 1,2,4, 5 dengan Equus caballus dan hanya berbeda 1 nt antara kuda Tengger 3 dengan E.caballus pembanding menunjukkan bahwa kekerabatan kuda tengger dengan Equus caballus pembanding dekat. Antara kuda tengger 1, 2, 4 dan 5 sama sekali tidak ada perbedaan, tetapi ke empat kuda tengger tersebut terhadap kuda tengger 3 terdapat perbedaan 10 nt

 

Dapat disimpulkan bahwa Keragaman nukleotida pada daerah D-loop parsial (319 nt) kuda Tengger sangat kecil yaitu antara 1-10 nukleotida. Jarak genetik menggunakan metode Kimura dua parameter paling besar adalah 3,2% sehingga tidak dapat membedakan pada tingkat intra spesies sehingga dengan keragaman kecil artinya dimungkinkan bahwa kuda Tengger dapat breeding dan kepunahanpun dapat dicegah sehingga usaha konservasi dapat berhasil guna.

Referensi :

Yuriadi,Widayanti,R., Purwantoro,A., Tabbu,C.R. 2010. Kajian Molekuler Daerah D-Loop Parsial DNA Mitokondria Kuda (Equus caballus) Asli Tengger. Jurnal veteriner 11:1-6

 

 

 

 


9 responses to “Kajian Molekuler Daerah D-Loop Parsial DNA Mitokondria Kuda Asli Tengger”

  1. valleryathalia says:

    semoga konservasinya berjalan lancar.. lestarikan fauna lokal!

  2. Natalia Cinthya Deby says:

    Nice post,, mungkin bisa ditambah ilustrasi supaya lebih dinamis dan menarik, well it’s already good to read,,

    tambahan aja, semoga tambahannya gak nyimpang dari topik artikel,,
    mungkin back to my topic, DNA marker, bisa dijadiin refrensi tambahan buat mengetahui keragaman spesies, siapa tahu sebenarnya mreka2 itu gak 1 spesies meski scr morfologi tampak mirip banget,, thx..^^ GBU keep nulis nulis heheh

  3. destri says:

    Perkembangan yang susdah sangat maju. sangat mengedukasi sehingga dapat mengetahui tingkat keragaman nukleotida pada kuda Tengger dan ternyata antar kuda Tengger tersebut memiliki tingkat keragaman nukleotida yang kecil.

  4. Armae Dianrevy says:

    Informasi yang menarik dan menambah pengetahuan, dewasa ini semakin besar terjadinya kepunahan khususnya kuda asli Tengger. Semoga metode ini dapat membantu dan mencegah terjadinya kepunahan dan mendukung adanya konservasi pada kuda asli Tengger.

  5. Yani Evami says:

    tampilan sudah menarik. apakah upaya konservasi ini dapat dilakukan pada spesies atau hewan lain?

  6. renitanurhayati says:

    Tulisan yang baik dan sangat memberikan informasi tentang kajian molekuler. Tetapi akan lebih menarik lagi jika diberikan gambar kuda asli tengger tersebut 😀

  7. Menurut saya bisa saja.. hanya saja pada teknik ini saya mengambil contoh kuda.

  8. Terimakasih atas saran sarannya…

  9. Elsa Rian Stevani S says:

    Informasi yang sangat menarik karena penanda yang digunakan merupakan bagian yang tidak menyandi protein (D-Loop Parsial), apakah dengan kata lain tidak perlu mengambil DNA dari kuda tersebut? Semoga dengan pengembangan metode ini dapat dilakukan juga pada konservasi hewan lainnya sehingga dapat dilestarikan.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php