Teknobioblog

The National Center of Biology Information (NCBI) Portal

Posted: September 17th 2013

NCBI

National Center of Biology Information (NCBI) merupakan suatu website yang mewadahi sharing database informasi seputar biologi yang dikelola oleh lembaga yang berdomisili di Amerika Serikat yaitu National Library of Medicine (NLM) yang berada di National Institute of Health (NIH). NCBI dibangun atas dasar impian untuk “menguak” ilmu baru terutama di bidang molekuler. NCBI memberikan beberapa fasilitas menarik untuk peneliti molekuler dengan membuka portal informasi yang sebagian besar gratis.

Sekilas Tentang NLM

National Library of Medicine, berlokasi di Bethesda, Maryland, yang merupakan bagian dari National Institutes of Health, US Departemen Kesehatan dan Layanan Kemanusiaan atau HHS. Sejak didirikannya NLM pada tahun 1836, NLM telah berperan penting dalam menerjemahkan penelitian biomedis dalam praktek aplikasinya. NLM merupakan perpustakaan biomedis terbesar di dunia dan juga mengembangkan layanan informasi elektronik yang memberikan triliunan byte data ke jutaan pengguna setiap hari. Para ilmuwan, profesional kesehatan, dan masyarakat di Amerika Serikat dan seluruh dunia mencari sumber daya perpustakaan informasi online lebih dari satu miliar kali setiap tahunnya.

NLM sangat terbuka untuk semua kalangan dan memiliki banyak layanan ataupun sumber daya bagi para ilmuwan, profesional kesehatan, sejarawan ,dan juga masyarakat umum . NLM memiliki hampir 19 juta buku, jurnal, manuskrip, audiovisual, dan bentuk lain dari informasi medis di rak-rak , sehingga  NLM dikatakan perpustakaan ilmu kesehatan terbesar di dunia.

Dunia yang pada saat ini sudah semakin digital, misi yang dilaksanakan NLM untuk memungkinkan penelitian biomedis, mendukung perawatan kesehatan dan kesehatan masyarakat, dan mempromosikan perilaku sehat dengan :

    • Memperoleh, pengorganisasian, dan melestarikan literatur biomedis ilmiah dunia;
    • Menyediakan akses ke informasi biomedis dan kesehatan di seluruh negeri dalam kemitraan dengan jaringan nasional 5.600, anggota Perpustakaan Kedokteran;
    • Melayani sebagai sumber daya global terkemuka untuk bangunan, kurasi dan selain itu juga menyediakan akses canggih untuk biologi molekuler dan informasi genomik, termasuk dari Proyek Genom Manusia dan NIH Roadmap;
    • Menciptakan layanan informasi berkualitas tinggi yang relevan pada bidang toksikologi dan kesehatan lingkungan, pelayanan kesehatan penelitian, dan kesehatan masyarakat;
    • Melakukan penelitian dan pengembangan pada sistem komunikasi biomedis, metode, teknologi, dan jaringan dan penyebaran informasi dan pemanfaatan kalangan profesional kesehatan, pasien, dan juga masyarakat umum;
    • Memajukan pendanaan pada penelitian biomedis informatika dan melayani sebagai pendukung utama dari pelatihan – penelitian pra dan pasca doktoral di informatika biomedis pada 18 universitas di Amerika Serikat .

NLM

Sumber Daya (Resources)

NCBI menyediakan akses ke informasi biomedis dan genomik, dengan tujuan untuk meningkatkan sumber daya untuk kesehatan dan ilmu pengetahuan.

Biosystem

NCBI Biosystem Database menyediakan akses untuk literatur dan informasi seputar sistem biologi dan interaksi antar gen, protein hingga molekul kecil.

Apa yang bisa kita peroleh?

The NCBI Structure Group

The NCBI Structure Group menyediakan databases dan tools untuk membantu pembelajaran tentang struktur makromolekul, klasifikasi protein dan conserved domain, molekul kecil dan aktivitas biologisnya, serta sistem biologi.

Apa yang bisa kita peroleh?

PubChem Bioassay Compound and Substance

PubChem menyediakan informasi valid tentang struktur dan peran biologis dari molekul kimia dalam tubuh.

Apa yang bisa kita peroleh?

TOOLS

NCBI menyediakan banyak sekali tools untuk memudahkan penelitan, antara lain:

• 1000 Genomes Browser
Sebuah penampil grafis interaktif yang memungkinkan pengguna untuk menjelajahi varian, genotipe dan bukti pendukung (seperti urutan bacaan) yang telah dihasilkan oleh Proyek 1000 Genom.

• ASN.1 Format Summary
Format Organisasi Standar Internasional (ISO) representasi data yang digunakan untuk mencapai interoperabilitas antara platform.

• Amino Acid Explorer
Tool ini memungkinkan pengguna untuk mengeksplorasi karakteristik asam amino dengan membandingkan sifat struktural dan kimia, memprediksi perubahan urutan protein disebabkan oleh mutasi, melihat substitusi umum, dan mencari fungsi residu yang diberikan dalam domain dilestarikan.

• Assembly Archive
Link informasi urutan baku yang ditemukan di Arsip Jejak dengan informasi perakitan ditemukan di repositori urutan tersedia untuk umum (GenBank / EMBL / DDBJ). Viewer memungkinkan pengguna untuk melihat beberapa keberpihakan urutan serta kromatogram urutan yang sebenarnya.

• BLAST Link (BLink)
Sebuah pilihan link pada catatan protein yang menampilkan hasil sebelum pencarian BLAST dari protein terhadap semua urutan protein lainnya di NCBI.

• BLAST Microbial Genomes
Melakukan penelusuran BLAST untuk urutan serupa dari eukariotik lengkap terpilih dan genom prokariotik.

• BLAST RefSeqGene
Penelusuran BLAST urutan genom di RefSeqGene / LRG set. Tampilan default menyediakan navigasi yang siap meninjau pada tampilan grafis.

• BLAST Tutorials and Guides
Link halaman ini terkait ke sejumlah BLAST terkait tutorial dan panduan, termasuk panduan seleksi untuk algoritma BLAST, deskripsi format output BLAST, penjelasan mengenai parameter BLAST berdiri sendiri, arah untuk menyiapkan BLAST berdiri sendiri pada mesin lokal dan menggunakan BLAST URL API.

• Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
Menemukan kesamaan daerah lokal antara sekuen biologis. Program ini membandingkan urutan nukleotida atau protein ke database urutan dan menghitung signifikansi statistik pertandingan. BLAST dapat digunakan untuk menyimpulkan hubungan fungsional dan evolusioner antara urutan serta membantu mengidentifikasi anggota keluarga gen.

• Batch Entrez
Memungkinkan kita untuk mengambil catatan dari banyak database Entrez dengan mengupload file dari GI atau nomor aksesi dari database nukleotida atau protein, atau file pengidentifikasi unik dari database Entrez lainnya. Hasil pencarian dapat disimpan dalam berbagai format langsung ke sebuah file lokal pada komputer.

• BioAssay Services
Tool yang merangkum hasil tes biologis dalam database PubChem dan memberikan cara-cara alternatif untuk melihat hasil bioassay dan hubungan struktur-aktivitasnya. Pengguna juga dapat mendownload analisis dan tabel data.

• CDTree
Sebuah aplikasi yang berdiri sendiri untuk mengklasifikasikan urutan protein dan menyelidiki hubungan evolusionernya. CDTree dapat mengimpor, menganalisis dan memperbarui Lindung Domain (CDD) catatan dan hierarki yang ada, dan juga memungkinkan pengguna untuk membuat sendiri. CDTree terintegrasi dengan Entrez CDD dan Cn3D, dan memungkinkan pengguna untuk membuat dan memperbarui domain protein.

• COBALT
COBALT adalah alat sekuen protein yang menemukan koleksi kendala berpasangan yang berasal dari database domain, motif database protein, dan kesamaan urutan, menggunakan RPS-BLAST, BLASTP, dan PHI-BLAST.

• Cn3D
Sebuah aplikasi yang berdiri sendiri untuk melihat struktur 3-dimensi dari layanan pengambilan NCBI Entrez. Cn3D berjalan pada Windows, Macintosh, dan UNIX dan dapat dikonfigurasi untuk menerima data dari web browser yang paling populer. Cn3D secara bersamaan menampilkan struktur, urutan, dan keselarasan, dan memiliki penjelasan yang kuat dan fitur pengeditan keselarasan.

• Coffee Break
Bagian dari NCBI Bookshelf, Coffee Break menggabungkan laporan tentang penemuan biomedis terakhir dengan menggunakan alat NCBI. Setiap laporan menggabungkan tutorial interaktif yang menunjukkan bagaimana bioinformatika alat-alat NCBI yang digunakan sebagai bagian dari proses penelitian.

• Concise Microbial Protein BLAST
Sebuah layanan khusus BLAST di mana database tanya terdiri dari semua protein dari mikroba lengkap (prokariotik) genom. NCBI telah precalculated kelompok protein serupa pada tingkat genus dan satu wakil dipilih dari setiap cluster untuk mengurangi dataset, sehingga mengurangi waktu pencarian dan memberikan pandangan yang lebih luas taksonomi.

• Conserved Domain Architecture Retrieval Tool (CDART)
Menampilkan domain fungsional yang membentuk sekuen protein yang diberikan. Daftar protein ini dengan arsitektur domain yang mirip dan dapat mengambil protein yang mengandung kombinasi domain tertentu .

• Conserved Domain Search Service (CD Search)
Mengidentifikasi conserved domain yang muncul dalam urutan protein. CD-Search menggunakan RPS-BLAST (Reverse Position-Specific BLAST) untuk membandingkan urutan yang ditanyakan terhadap posisi-spesifik skor matriks yang telah dipersiapkan dari keberpihakan domain yang telah terkonservasi dalam Conserved Domain Database (CDD).

• Digital Differential Display (DDD)
Sebuah alat untuk membandingkan profil EST untuk mengidentifikasi gen dengan tingkat ekspresi yang berbeda secara signifikan.

• E-Bench
Alat interaktif memungkinkan pengguna untuk membangun E- utility URL, baik dari bentuk atau dengan tangan, dan kemudian melihat hasilnya. Alat ini menyediakan lingkungan yang sederhana untuk pengujian E- utility URL sebelum memasukkan mereka dalam aplikasi.

• E-Utilities
Tool yang menyediakan akses ke data dalam sistem luar Entrez NCBI dari web biasa. E-utilities menyediakan metode mengotomatisasi tugas-tugas Entrez dalam aplikasi perangkat lunak. Setiap utilitas melakukan tugas pengambilan khusus, dan dapat digunakan hanya dengan menulis format khusus URL.

• Ebot
Sebuah alat yang memungkinkan pengguna untuk membangun sebuah E-utility saluran analisis menggunakan formulir online, dan kemudian menghasilkan script Perl untuk mengeksekusi saluran.

• Electronic PCR (e-PCR)
Prosedur komputasi yang digunakan untuk mengidentifikasi situs tag urutan (STSs) dalam urutan DNA. e-PCR mencari potensi STSs di urutan DNA dengan mencari subsekuen yang cocok dengan primer PCR dan memiliki urutan yang benar, orientasi, dan jarak yang bisa mewakili primer PCR digunakan untuk menghasilkan STSs dikenal.

• Frequency-weighted Link (FLink)
Flink adalah alat yang memungkinkan Anda untuk menghubungkan dari sekelompok yang tercatat dalam database sumber ke daftar peringkat catatan yang terkait dalam database tujuan berdasarkan frekuensi- statistik tertimbang.

• Gene Expression Omnibus (GEO) BLAST
Alat untuk menyelaraskan sebuah pertanyaan urutan (nukleotida atau protein) untuk urutan GenBank disertakan pada microarray atau platform SAGE dalam database GEO.

• Gene Plot
Sebuah alat untuk perbandingan berpasangan dari dua genom prokariotik yang menampilkan pasang homolog protein yang simetris terbaik antara dua genom.

• Genetic Codes
Menampilkan kode genetik untuk organisme pada database Taksonomi dalam tabel dan pohon taksonomi.

• Genome BLAST
Alat ini membandingkan nukleotida atau urutan protein ke database urutan genom dan menghitung signifikansi statistik menggunakan algoritma Basic Local Alignment Search Tool (BLAST).

• Genome ProtMap
Genome ProtMap memetakan tiap protein dari COG, atau dalam kasus virus VOG, kembali ke genom, dan menampilkan semua coding segmen genomik untuk anggota dari kelompok protein terkait. Tampilan dapat bergeser ke fokus pada COG berdekatan / VOG, dan cluster dapat dicari berdasarkan nama, protein, atau tag lokus gen.

• Genome Remapping Service
Alat Remap NCBI memungkinkan pengguna untuk memproyeksikan penjelasan data dan mengkonversi lokasi fitur dari satu perakitan genom yang lain atau untukurutan RefSeqGene melalui basis dengan analisis dasar. Pilihan yang disediakan untuk menyesuaikan remapping, dan hasil ringkasan yang ditampilkan pada halaman web. Hasil lengkap dapat didownload untuk melihat di penampil grafis NCBI Genome Workbench, dan data penjelasan untuk fitur dipetakan, serta ringkasan data, juga tersedia untuk di-download.

• Genome Workbench
Sebuah aplikasi terintegrasi untuk melihat dan menganalisis data sekuens. Dengan Genome Workbench, Anda dapat melihat urutan data dalam database publikyang tersedia di NCBI, dan campurkan data tersebut dengan data Anda sendiri.

• LinkOut
Sebuah layanan yang memungkinkan pihak ketiga untuk menghubungkan langsung dari PubMed dan catatan database Entrez lain yang relevan sumber daya web yang dapat diakses di luar sistem Entrez. Contoh sumber daya LinkOut mencakup publikasi teks lengkap, database biologi, informasi kesehatan konsumen dan alat-alat penelitian.

• Map Viewer
Menyediakan kemampuan browsing khusus dari peta dan kumpulan urutan untuk subset dari organisme. Anda dapat melihat dan mencari organisme genom lengkap, layar peta, dan zoom ke tingkat yang lebih detail, ke data sekuens untuk daerah yang diinginkan.

• NCBI News
Memberikan informasi tentang sumber daya baru, diperbarui, pengembangan dengan penelitian dan pengembangan proyek NCBI. Situs berita berisi fitur layanan artikel yang menyoroti fitur sumber daya dan alat-alat serta menggambarkan pengumuman penting mengenai kunci dataset dan sumber daya yang menarik bagi pengguna. Link ke situs Social Media NCBI bersama dan daftar yang tersedia RSS Feed dan listservs Email disediakan.

• NCBI Toolbox
Satu set spesifikasi pertukaran perangkat lunak dan data yang digunakan oleh NCBI untuk memproduksi portabel, perangkat lunak modular untuk biologi molekuler. Perangkat lunak pada Toolbox dirancang untuk membaca catatan dalam format Abstrak Sintaks Notasi 1 (ASN.1), format representasi data sebuah organisasi standar internasional (ISO).

• OSIRIS
Sebuah kualitas domain jaminan paket perangkat lunak publik yang memfasilitasi penilaian multipleks short tandem repeat (STR) profil DNA berdasarkan protokol laboratorium khusus. OSIRIS mengevaluasi data mentah elektroforesis menggunakan cara matematis berdasarkan algoritma ukuran. Ini menawarkan dua ukuran kualitas puncak baru – sesuai tingkat dan ukuran residu. Hal ini dapat disesuaikan untuk mengakomodasi tanda tangan laboratorium khusus seperti pengaturan kebisingan latar belakang, disesuaikan konvensi penamaan dan tambahan internal kontrol laboratorium.

• Open Reading Frame Finder (ORF Finder)
Sebuah alat analisis grafis yang menemukan semua frame terbuka penggun yang telah dibaca a atau secara berurutan sudah dalam database. Enam belas kode genetik yang berbeda dapat digunakan. Urutan asam amino dapat disimpan dalam berbagai format dan mencari terhadap database protein menggunakan BLAST.

• PSSM Viewer
Memungkinkan pengguna untuk menampilkan, mengurutkan, bagian dan posisi-spesifik Upload skor matriks (PSSMs) baik dari catatan CDD atau dari Position Specific Iterated (PSI)- pencarian protein BLAST. Alat ini juga dapat meluruskan protein query untuk posisi PSSM dan sorot konservasi tinggi.

• Phenotype-Genotype Integrator (PheGenI)
Mendukung menemukan hubungan fenotipe / genotipe manusia dengan pertanyaan dengan fenotipe, lokasi kromosom, gen, dan pengidentifikasian SNP. Saat ini mencakup informasi dari dbGaP, NHGRI GWAS Catalog, dan GTeX. Menampilkan hasil pada genom, pada urutan, atau dalam tabel untuk di download.

• Primer-BLAST
Alat Primer-BLAST menggunakan Primer3 untuk merancang primer PCR untuk urutan template. Potensi produk yang kemudian secara otomatis dianalisis dengan pencarian BLAST terhadap pengguna database tertentu, untuk memeriksa kekhususan untuk target yang dituju.

• ProSplign
Sebuah utilitas untuk menghitung keselarasan protein untuk urutan genom nukleotida. Hal ini didasarkan pada variasi dari algoritma the Needleman Wunsch global alignment dan secara khusus menyumbang intron dan sinyal hambatan. Karena algoritma ini, ProSplign akurat dalam menentukan situs sambatan dan toleran terhadap kesalahan sekuensing.

• PubChem Power User Gateway (PUG)
PUG menyediakan akses ke layanan PubChem melalui program antarmuka. PUG memungkinkan pengguna untuk mendownload data, melakukan pencarian struktur kimia, standarisasi struktur kimia dan berinteraksi dengan E-utilitas. PUG dapat diakses baik menggunakan URL standar atau melalui SOAP.

• PubChem Standardization Service
Standardisasi, dalam terminologi PubChem, adalah pengolahan struktur kimia dengan cara yang sama yang digunakan untuk membuat catatan Compound PubChem dari struktur kontributor aslinya. Layanan ini memungkinkan pengguna melihat bagaimana PubChem akan menangani struktur apapun yang ingin mereka serahkan.

• PubChem Structure Search
Pencarian struktur PubChem memungkinkan pengguna Compound database PubChem menanyakan struktur kimia atau pola struktur kimia. Pengguna juga dapat menentukan input permintaan struktural oleh PubChem Compound Identifier (CID), SMILES, SMARTS, Inchi, Formula Molekuler, atau dengan mengupload dari struktur yang didukung format file.

• PubMed Clinical Queries
Suatu bentuk pencarian PubMed khusus ditargetkan untuk pekerja atau peneliti dibidang medis. Halaman ini menyederhanakan pencarian berdasarkan kategori studi klinis, menemukan tinjauan sistematis dan mencari literatur genetika medis.

• PubMed Tutorials
Kumpulan web dan flash tutorial di PubMed searching dan menghubungkan, menyimpan pencarian di NCBI saya, menggunakan MeSH dan layanan PubMed lainnya.

• Related Structures
Struktur Terkait memungkinkan pengguna untuk menemukan struktur 3D dari Molecular Modeling Database (MMDB) yang mirip secara berurutan dengan protein query. Meskipun protein query belum memiliki struktur diselesaikan, bentuk 3D dari urutan protein serupa dapat menjelaskan bentuk yang diduga dan fungsi biologis dari protein query.

• SNP Database Specialized Search Tools
Berbagai alat yang tersedia untuk mencari database SNP, yang memungkinkan pencarian dengan genotipe, metode, populasi, Pengirim, spidol dan kesamaan urutan menggunakan BLAST. Tool search terdapat pada sisi kiri halaman utama dbSNP.

• Sequence Viewer
Memberikan sebuah konfigurasi tampilan grafis dari urutan nukleotida atau protein dan fitur yang telah dijelaskan pada sekuen. Selain digunakan pada halaman database sekuen NCBI, viewer ini tersedia sebagai komponen halaman web embeddable. Dokumentasi rinci termasuk panduan Referensi API yang tersedia untuk para pengembang yang ingin menanamkan penampil di halaman mereka sendiri.

• Splign
Tool yang digunakan untuk menghitung urutan cDNA-ke-Genomic. Hal ini didasarkan pada variasi dari Needleman-Wunsch algoritma keselarasan global dan secara khusus menyumbang intron dan sinyal sambatan. Splign sangat akurat dalam menentukan situs hambatan dan toleran terhadap kesalahan sekuensing.

• TaxPlot
Tool yang digunakan untuk membandingkan genom atas dasar protein urutan yang dikodekan. Untuk menggunakan TaxPlot, pilih genom referensi dan dua spesies untuk perbandingan. Hasil BLAST prahitung kemudian digunakan untuk plot titik untuk setiap protein diprediksi dalam genom referensi, berdasarkan penyelarasan terbaik dengan protein dalam masing-masing dua genom yang dibandingkan.

• Taxonomy Browser
Tool yang mendukung pencarian pohon taksonomi dengan menggunakan nama parsial taksonomi, nama umum, wild cards dan nama fonetik mirip. Untuk setiap node taksonomi, tool ini menyediakan link ke semua data dalam Entrez untuk node tersebut, menampilkan garis keturunan, dan menyediakan link ke situs eksternal yang terkait dengan node.

• Taxonomy Common Tree
Menghasilkan pohon taksonomi dihasilkan untuk grup tertentu dari organisme. Pengguna dapat mengupload file ID taksonomi atau nama, atau mereka dapat memasukkan nama atau ID langsung.

• Taxonomy Statistics
Menampilkan jumlah node taksonomi dalam database untuk peringkat yang diberikan dan tanggal inklusi.

• Taxonomy Status Reports
Menampilkan status terkini dari serangkaian node taksonomi atau ID.

• Variation Reporter
Sebuah alat yang dirancang untuk mencari dan melaporkan variasi data sekuen manusia dari dbSNP dan dbVar. Variasi individu atau batch file dapat disampaikan dalam format HGVs, GVF atau BED. Informasi terkait akan diambil dan dilaporkan dalam tabel download yang berisi pengidentifikasi variasi, nukleotida dan sitogenetika lokasi pita pada berbagai majelis genomik, tipe alel dan frekuensi alel minor, prediksi konsekuensi fungsional (missense, nonsense, frameshift, splice site, dll) dan kutipan yang relevan.

• VecScreen
Sebuah sistem yang mengidentifikasi secara cepat segmen dari urutan asam nukleat yang mungkin berasal dari vektor. VecScreen mencari urutan permintaan untuk segmen yang cocok dengan urutan dalam database vektor non-redundant khusus (UniVec).

• Vector Alignment Search Tool (VAST)
Sebuah algoritma komputer yang mengidentifikasi protein struktur 3 dimensi yang sama. Struktur tetangga untuk setiap struktur dalam MMDB sebelum dihitung dan dapat diakses melalui link pada halaman Ringkasan Struktur MMDB (MMDB Structure Summary pages). Tool ini juga digunakan untuk mengidentifikasi homolog jauh yang tidak dapat dikenali oleh urutan perbandingan saja.

• Viral Genotyping Tool
Alat ini membantu mengidentifikasi genotipe dari urutan virus. Sebuah jendela yang muncul disepanjang urutan pertanyaan dan setiap jendela dibandingkan dengan BLAST ke setiap urutan referensi untuk virus tertentu.

Created by
Andreas Yoga Aditama 110801184

Jerry Julian Paays 110801229

Mitha Octavia Sitompul 110801211


5 responses to “The National Center of Biology Information (NCBI) Portal”

  1. Niken says:

    ini yang kita butuh biar gk katrok bioinformatika, TENGKIU.. 😀

  2. bernadethaetha21 says:

    menarik lho blogs nya…makasih info nya

  3. juventini46 says:

    mantap……..

  4. yulent says:

    mantaappp… lumayan lengkap… :D:D
    ditunggu postingan selanjutnya…

    yulent (110801189)
    nerissa (110801219)
    tyas (110801202)

  5. biolin says:

    isinya amat terperinci. . . . so far so good (y)

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2020 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php