She's Blog : WELCOME

Mengenal Lebih Dekat EMBnet : Bioinformatics Without Borders

Posted: September 18th 2013

“Kami pun mempunyai misi, antara lain memberikan pendidikan dan pelatihan dalam bidang bioinformatika, mengeksploitasi infrastuktur jaringan, menyelidiki, mengembangkan dan menyebarkan perangkat lunak domain publik, membantu penelitian bioteknologi dan bioinformatika, menjembatani antara sektor komersial dan akademik, serta turut mempromosikan kerjasama dunia global melalui jaringan komunitas”

              Begitulah misi dari suatu organisasi internasional berbasis bioinformatika, EMBnet. EMBnet merupakan suatu organisai bioinformatika bertaraf internasional yang melayani, mendukung, dan mempertahankan bidang bioinformatika sebagai sarana penelitian biologi dan biomedis. Organisasi ini didirikan pada tahun 1988 atas inisiatif dari European Molecular Biology Laboratory (EMBL) dan pada tahun 1989, beberapa negara maju dan berkembang sudah menjadi anggota dari EMBnet, antara lain Perancis, Swedia, Inggris, Belanda, Spanyol, Israel, Norwegia, Italia, dan Denmark dan saat ini Swiss, Jerman Barat, Austria, Yunani, dan Finlandia juga bersiap-siap unuk bergabung. seiring berjalannya waktu, pada tahun 1991, EMBnet mulai menunjukkan kehebatannya. Organisasi ini menerima hadiah (penghargaan) pertama dari BRIGDE ((Biotechnology Research for Innovation, Development and Growth in Europe 1990–1994).

             EMBnet bukan sembarang organisasi. Organisasi ini mempunyai struktur sebagai berikut :

  1. EMBnet stiching
  2. Executive board
  3. Operational board
  4. Project commitees
  5. Executive editorial board
  6. Funding

Apa saja sumberdaya yang ditawarkan?

  1. Program bioinformatik yang diterapkan : Sumber pembelajaran online untuk terapan bioinformatik. Alamat web: www.abc.cbi.pku.edu.cn
  2. Chipster- platform program terbuka untuk analisis data : Chipster mudah digunakan sebagai software analisis untuk menempatkan data yang banyak. Software ini terdiri atas lebih dari 200 alat analisis untuk sekuensing generasi berikutnya (NGS), microarray dan data proteomik. Alamat web: www.chispter.csc.fi
  3. MRS: Sistem pencarian cepat dan ringkas untuk biologi : Software MRS menyediakan alat yang cepat dan dipercaya untuk mengunduh, menyimpan, menyusun, dan permintaan data bank flat-file. Data yang disimpan dan disusun oleh MRS mengambil sedikit sekali ruang dalam penyimpana daripada data raw, walaupun raw data ini diikutkan.
  4. wEMBOSS : Merupakan situs yang menghubung ke paket software EMBOSS yang terkenal untuk analisis sekuen biologi. Alamat web: www.wemboss.sourceforge.net
  5. EMBOSS : EMBOSS singkatan dari The European Molecular Biology Open Software Suite. EMBOSS merupakan paket software analisis gratis terbuka untuk analisis, khususnya perkembangan untuk kebutuhan dari komunitas pengguna biologi molekular. Software ini secara otomatis bekerja pada berbagai format data dan bahkan secara transparan  memperbolehkan pengambilan urutan data dari web. Sehingga, sebagai perpustakaan yang luas dengan paket yang tersedia, platform ini memungkinkan peneliti untuk mengembangkan dan merilis softwarenya sendiri. Alamat web: www.emboss.sourceforge.net
  6. eBiotools : Tersedia banyak paket MacOSX dan software untuk bioinformatik. Alamat web: www.ebioinformatics.org
  7. Analisis data DNA microarray : Dilakukan oleh jarno tuimala dan M. Minna Laine. Alamat web: www.csc.fi/english/researh/sciences/bioscience
  8. Sistematika molekular : Materi untuk praktek oleh jarno Tuimala. Alamta web; www.csc.fi/english/researh/sciences/bioscience
  9. EMBnet.jurnal : Jurnal internasional dengan akses terbuka, dengan tujuan utama menyediakan para peneliti biomedik dengan infromasi praktikal yang membantu. Alamat web: www.journal.embnet.org
  10. PairsDB : Database dari sekuen protein dan BLAST dan PSI-BLAST atau yang sejajar diantara mereka. Alamata web: www.pairsdb.csc.fi
  11. RegulonDB : Referensi database utama dari jaringan pengatur terbaik dari berbagai organisme yang hidup bebas, seperti Escherichia coli K-12. Hal ini telah berkembang pada konteks biologinya sehingga regulasi trankripsional merupakan bagian dari unitnya yang dimulai dengan sinyal dan berlanjut dengan sinyal tranduksi hingga ke regulasi inti, memodifikasi ekspresi dari gen target yang terkena yang bertanggung jawab untuk merespon. Alamat web: www.regulondb.ccg.unam.mx
  12. Jaringan analisis data sekuensing generasi selanjutnya –SeqAhead : Sekuensing generasi berikut (NGS) merupakan pendekatan cepat dan lebih ekonomis bagi sekuensing genom baru, re-sekuensing genom yang telah dikenal, atau lebih cepat dalam menyelidiki transcriptome dibawah kondisi yang berbeda. Alamat web: www.seqahead.eu
  13. Perluasan infrastruktur bioinformatik ke uniseluler, hewan dan ilmu tanaman –AllBio : Genome project telah mengungkapkan banyak informasi tentang bioinformatik berhubungan dengan gen, fungsinya, modifikasi, interaksi dan transkriptomik atau sistem biologi yang telah menghasilkan banyak analisis –analisis novel dan program komputer yang prediktif. Alamat web: www.allbioinformatics.eu/doku.php
  14. MitoRes : Sumber data yang diandalkan untuk ekstraksi sekuen besar dan sub-sekuen gen nuklir dan kode produk yang ditargetkan pada mitokondria di metazoa. Hal ini dikembangkan juga untuk menghubungkan penempatan tinggi analisis in silico yang bertujuan untuk studi fungsional genomik, berkaitan dengan biogenesis mitokondria, metabolisme dan disfungsi patologisnya. Alamat web: www.mitores.ba.itb.cnr.it
  15. UTRdb : Database ini dikurasi dari sekuen 5’ dan 3’ yang belum diterjemahkan dari mRNA eukariotik, dari bberapa sumber data primer. Motif fungsional eksperimen yang divalidasi yang dijelaskan dan telah disusun sebagai database situs UTR, dengan informasi yang spesifik. Integrasi UTRdb dengan data genom telah memungkinkan penerapan sistem penjelasan yang efisien dan sumber daya pengambilan kuat untuk pemilihan dan ekstraksi subset UTR tertentu. Alamat web: www.utrdb.ba.itb.cnr.it
  16. Jaringan analisis data Italian NGS : Menghubungkan teknologi pengguna sekuensing generasi berikut (NGS) dan penyedia analisis data yang aktivitasnya berorientasi pada level nasional. Alamat web: www.nextgenerationsequencing.it

Apa saja jasa yang ditawarkan?

          EMBnet merupakan salah satu perusahaan yang mengembangkan jaringan bioinformatik secara global, merupakan organisasi berskala dunia yang memberikan informasi biologi molekuler dan genetika secara profesional untuk melayani, mendukung, dan menopang pertumbuhan bioinformatik dalam bidang biologi dan riset biomedis di berbagai negara di dunia. “Produksi” utama perusahaan ini adalah penyedia layanan bioinformatika, memberikan pelatihan, pengembangan dan penggunaan alat-alat serta program-program bioinformatika terkini.

Jasa yang  ditawarkan antara lain :

–          Mengadakan pendidikan dan pelatihan di bidang bioinformatika

–          Mengeksploitasi jaringan infrastruktur

–          Menyelidiki, mengembangkan dan menyebarkan perangkat lunak bioinformatik kepada publik

–          Membantu penelitian bioteknologi dan bioinformatika

–           Pengembangan perangkat lunak bioinformatika terkini (contoh : Chipster- software analisis data yang berisi 200 analisis NGS, microsrray dan data proteomik)

–          Penyedia akses cepat menuju bank data

–          MRS- program untuk mendownload, menyimpan dan indeks permintaan Bank Data (lebih praktis dibanding disk)

–          wEMBOSS – program antarmuka web terpopuler

–          EMBOSS- software analisis gratis khusus untuk kebutuhan biologi molekuler komunitas pengguna

–          Menganalisis data Microarray DNA

–          EMBnet.journal : berisi review jurnal yang tujuannya untuk memberikan para ilmuwan biomedis informasi praktis agar dapat dengan mudah menangani dan menganalisis tugas-tugas data harian- aksesnya terbuka untuk global.

–          PairsDB : database urutan protein

–          BLAST : program pencarian kesamaan yang didisain untuk mengeksplorasi

semua database sekuen yang diminta, baik itu berupa DNA atau protein.

Apa saja peluang pendidikan yang ditawarkan?

              Salah satu  jasa yang diberikan perusahaan ini bagi masyarakat dunia adalah tawaran di bidang pendidikan. Tawaran ini direalisasikan dalam berbagai bentuk kegiatan, program-program dan berbagai organisasi. Berikut adalah organisasi dan program-program berisi kegiatan yang dibentuk oleh EMBnet untuk tujuan pendidikan :

–          SeqAhead (Next-Generation Sequencing Data-Analysis Network (COST Action BM1006))

–          AllBio (Broadening the bioinformatics infrastructure to unicellular, animal and plant science)-Coordination Action KBBE.2011.3.6-02

–          GOBLET (Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & training)

 

Referensi :

www.embnet.org

 

oleh :

Wilhelmina Leli Askadilla 110801179

Agustina Arsiawati Alfa Putri 110801193

Endang Rokaya Putri Silalahi Sigiro 110801210


3 responses to “Mengenal Lebih Dekat EMBnet : Bioinformatics Without Borders”

  1. agustinaarshe says:

    untuk keperluan bioinfo, tulisan ini jangan dibaca ya teman teman. ini eror, jika ada yg menginginkan gambar, bisa ke blog punya helmi 🙂 terimakasih

  2. catherinekath says:

    perasaan lebih rapi disini tulisannya, tapi lebih variatif di blog tempat helmi hahaha

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

© 2019 Universitas Atma Jaya Yogyakarta
css.php